تم الانتهاء من مراسم واجراءات دفن جثمان البابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، بدير الانبا بيشوى بوادي النطرون؛ حيث تم وضع جثمان قداسة البابا داخل المزار الرخامي أو ما يسمي ب«الطافوس» أو «القبر». وقد تمكنت قوات الشرطة العسكرية ورهبان دير الأنبا بيشوي في وادي النطرون بمحافظة البحيرة من افساح الطريق أمام السيارة التي تحمل جثمان البابا شنودة الثالث، حيث دخلت الدير بصعوبة بالغة بعد نصف ساعة تقريبا بسبب تدافع جماهير حاشدة نحو السيارة. وقاد قائد الشرطة العسكرية اللواء حمدي بدين عملية فتح طريق للسيارة بمساعدة الرهبان حتى وصل إلى ساحة الدير، لتبدأ على الفور إجراءات مواراة جثمان البابا بمرقده، بعد ان احتشد آلاف أمام الباب الرئيسي للدير، وقد صعد أحد المشيعين على ظهر سيارة الاسعاف وانزله رجال الشرطة العسكرية. وقد وقعت بعض الاحتكاكات بين جماهير المشيعيين للبابا بقساوسة دير الأنبا بيشوي وعناصر الشرطة العسكرية في محاولة للوصول إلى تابوت البابا والتشبث به، فيما تعانقت أصوات قرع أجراس الدير مع آهات ونواح الجماهير، وستكون زيارة المدفن على مدار غد وبعد غد. ويعتبر دير الأنبا بيشوى هو المكان المفضل للبابا شنودة، ففى هذا الدير تم إخباره بنبأ انتخابه بطريرك للكنيسة القبطية فى نوفمبر 1971، وفيه أيضا قضى أكثر من سنتين رهنا للاقامة الجبرية بعد قيام الرئيس أنورالسادات بالتحفظ عليه وتحديد إقامته به على خلفية أحداث الفتنة الطائفية بالزاوية الحمراء.