عبر العلماء عن مخاوفهم من ان التوسع في استخدام المضادات الحيوية في مزارع الدواجن والماشية قد يكون أحد عوامل انتشار البكتريا المقاومة للعقاقير والتي يمكن ان تصيب البشر ولا تجدي معها الأدوية التقليدية نفعا. وفي ظل هذه المخاوف تتعرض الإدارة الأمريكية للأغذية والعقاقير لضغوط كي تحد من استخدام المضادات الحيوية البيطرية في مزارع الماشية وأعلنت الإدارة عام 2003 خططا لتقييم كل عقار جديد خاص بحيوانات المزرعة لتحديد احتمالات ان يتمخض ذلك في نهاية الأمر عن ايجاد هذا النوع من البكتيريا. إلا أن الإدارة لم تتمكن من مراجعة عدد كبير من العقاقير البيطرية المستخدمة في المزارع والمطروحة حاليا في الاسواق لأن معظم هذه العقاقير تمت الموافقة على استخدامها قبل عام 2003. وانتهت الإدارة من تقييم مجرد عشرة في المئة من نحو 270 عقارا تحتوي على انواع من المضادات الحيوية تعتبرها الادارة مهمة من الوجهة الطبية لعلاج البشر كما يمكن استخدامها أيضا لعلاج الدجاج والخنازير والماشية. وانتهت الإدارة من تقييم مخاطر هذه البكتريا لنحو سبعة في المئة من نحو 390 عقارا تحتوي على مضادات حيوية كانت الإدارة قد وافقت على استخدامها بيطريا للدجاج والخنازير والماشية. ومنذ أربعينات القرن الماضي تضمنت صناعة تربية الحيوان مستويات متدنية من المضادات الحيوية في العلف ويرجع ذلك جزئيا إلى هدف زيادة أوزان الحيوانات التي يجري تربيتها للحصول على لحومها. وانطلقت مبادرة الإدارة الخاصة بالحد من مخاطر المضادات الحيوية البيطرية في ديسمبر كانون الاول الماضي عندما أصدرت ارشادات اختيارية تدعو الشركات المنتجة للادوية البيطرية إلى الحد من الموافقة على استخدام هذه العقاقير. وفي مبادرة أخرى مرتبطة بهذا الموضوع تعتزم الإدارة الأمريكية للأغذية والعقاقير تنفيذ "ارشادات خاصة بالاغذية البيطرية" في أبريل نيسان عام 2015 تطلب من البيطريين الاشراف على استخدام المضادات الحيوية المطروحة للبيع والتي يجري خلطها بأعلاف الحيونات.