أصدر الدكتور كمال الجنزورى رئيس مجلس الوزراء قرارا بتعيين ا.د حسين محمد احمد عيسى نائبا لرئيس جامعة عين شمس لشئون التعليم والطلاب وذلك لمدة أربع سنوات، وتعيين ا.د محمد الحسينى عبد الخالق الطوخى نائبا لرئيس جامعة عين شمس لشئون خدمة المجتمع وتنمية البيئة لمدة أربع سنوات وكذلك تعيين ا.د على عبد العزيز على نائبا لرئيس جامعة عين شمس لشئون الدراسات العليا والبحوث لمدة أربع سنوات وذلك إعتبارا من يوم 17 يناير لعام 2012 . وأشارت الجامعة فى بيان لها إلى أن اختيار النواب جاء عن طريق الانتخاب من خلال لجنة منتخبة من المجمع الإنتخابى الذى إنتخب رئيس جامعة عين شمس فى سابقة تحدث لأول مرة فى جامعة عين شمس والجامعات المصرية تأكيدا لقيم إستقلالية الجامعة التى افرزتها وأكدت عليها ثورة 25 يناير حيث تتميز هذه اللجنة بسرية أعضائها ضمانا للحيادية المطلوبة وعدم تأثر اي منهم باتجاهات خارجية. وأوضحت الجامعة أنه تقدم لشغل المناصب الثلاثة 29عضو تدريس من بينهم، «15» لوظيفة شئون خدمة المجتمع وتنمية البيئة، و«13» لشئون الدراسات العليا والبحوث وواحد فقط لشغل وظيفة نائب رئيس الجامعة لشئون التعليم والطلاب مشيرا إلى أن اللجنة إعتمدت في اختيارها علي مصفوفة معايير مكونة من 15 نقطة لاختيار المرشح المناسب في مقدمتها الخبرة الاكاديمية و الادارية وسابقة إنتاج متميز فى مجال ترشحه ومدى الإسهام البحثى والأكاديمى الذى قدمه خلال فترة عمله السابقة وسيرته الذاتية. من جانبه أبدى الدكتور خالد سمير المتحدث بإسم حركة إستقلال جامعة عين شمس تحفظه على طريقة اختيار نواب رئيس الجامعة قائلا إنه لم يتم الإعلان بشكل موسع عن فتح باب الترشح داخل الجامعة عن طريق الأقسام العلمية وهو ما أدى إلى أن كثير من أعضاء التدريس لم يعلموا بفتح باب الترشح أساسا وظهر ذلك فى أن معظم المتقدمين لشغل المنصب من قيادات الكليات ومن بين المختارين للمنصب عميدا كليتين والثالث وكيلا لإحدى الكليات. وأوضح خالد إن ذلك أدى إلى عدم وجود منافسة حقيقية على منصب نائب رئيس الجامعة لشئون التعليم والطلاب أهم منصب جامعى بعد رئيس الجامعة ونتج عن ذلك تزكية المرشح الوحيد المتقدم للمنصب عميد كلية التجارة. من ناحية أخرى إنتشرت إنتقادات موجهة للدكتور علاء فايز رئيس جامعة عين شمس على بعض صفحات الفيس بوك المرتبطة بمجموعات أساتذة الجامعة حول اختيارات النواب الثلاثة وخاصة الدكتور حسين عيسى عميد كلية التجارة الذى كانت تربطه علاقات وثيقة بالحزب الوطنى والأجهزة الأمنية وساهم فى وأد النشاط الطلابى المعارض وإحالة طلاب الإخوان و6 إبريل للتحقيق وتوقيع عقوبة الفصل عليهم أكثر من مرة فى العامين الماضيين، كما طالت الانتقادات تعيين الدكتور محمد الطوخى عميد كلية الهندسة الذى كان أحد الداعمين الرئيسيين لحملة انتخاب الدكتور علاء فايز رئيس للجامعة وتركزت الإنتقادات حول الأثر العسكى لسرية الأعضاء الذين اختارهم رئيس الجامعة لمشاركته فى إختيار نوابه الثلاثة.