تصريحات وفتاوي الدكتور علي جمعة مفتي الجمهورية دائماً ما تتسبب في إثارة الجدل من حوله وكان آخرها اعلانه اعجابه بتطور الفكر الشيعي ليقيم ضده الباحث الاسلامي فتحي عثمان دعوي قضائية جديدة يتهمه فيها بتجاوز حدود الرشاد وتغليب ميله الشخصي علي مصلحة الأمة ليطالب في بلاغه للنائب العام المستشار عبدالمجيد محمود الذي يحمل رقم 2749 بعزل المفتي من منصبه لأنه أخل بأهم مفردات الأمانة العلمية والموضوعية. حين خرج المفتي علي أحد المواقع الالكترونية ليعرب عن إعجابه بتطور الفكر الشيعي العقائدي في إشارة إلي الدراسات الشيعية التي دعت لمنع سب الصحابة علي المنابر قائلاًَ: علينا الاعتراف بما تحرزه هذه الطائفة من تقدم يمكننا من التعاون معها في الوقت الحالي مؤكداً علي أنه لا حرج من التعبد علي مذاهبها فلا فرق بين سني وشيعي، ولكن هناك من ينقب في الكتب الشيعية القديمة ويخرج علينا بالخلافات وهذا خطأ جسيم متهماً من يقوم بذلك بالسعي لتدمير العلاقات بين السنة والشيعة. وأمام تلك التصريحات قدم الباحث الاسلامي فتحي عثمان بلاغًا ضده للنائب العام ليعقبه بإقامة دعوي قضائية جديدة ضد المفتي الدكتور علي جمعة بشخصه وصفته مؤكداً في دعواه أن دعوي المفتي تعد هي الأولي من نوعها علي مر تاريخ هيئة الافتاء والتي جاءت متوافقة مع إعلان الرئيس الإيراني محمود أحمدي نجاد في الاحتفال بالذكري الثلاثين للثورة الاسلامية الإيرانية أن الثورة ليست محصورة بالأراضي الإيرانية مؤكداً أيضاً أن خطورة مثل هذا التصريح أنه يصدر عن المؤسسة الدينية المصرية الرسمية أنه بمثابة فتوي رسمية فهو لم يكتف بمجرد الإعلان عن موقفه الذي يعكس توجهه المذهبي بل تجاوز ذلك.
