تسبب قرار وزير الأوقاف، الدكتور محمد مختار جمعة عن ضم المعاهد الدعوية التابعة للدعوة السلفية وحزب النور للوزارة باعتبارها غير قائمة على الفكر الوسطي لأزمة كبيرة بين الوزارة والدعوة، تجددت بعد انتهاء أزمة تصاريح الخطابة واعتلاء المنابر. وقال الدكتور محمد عز عبدالستار، وكيل وزارة الأوقاف لشئون الدعوة إن قرار الوزير بضم معاهد السلفيين للوزارة "صائب وصحيح"، كاشفًا عن سعي الوزارة لتفعيل القرار خلال الأيام القليلة المقبلة. وأشار عز، إلى أن الوزارة ستقوم أولا بالتفتيش على معاهد "الفرقان" التابعة للدعوة السلفية، وستختبر مدى انتشار الفكر الوسطي بها، وهو ما سيحدد إمكانية وجود تعاون بين مدرسي الدعوة السلفية مع الوزارة من عدمه بعد ضم المعاهد إليها. وأوضح وكيل الأزهر لشئون الدعوة، أن الوزارة ستقوم باستبدال مدرسين وخطباء أزهرين تابعين للأزهر ولوزارة الأوقاف لهذه المعاهد في حالة إظهار التفتيش لانتشار فكر متشدد بداخلها. من جانبه، رفض الشيخ عادل نصر، المتحدث باسم الدعوة السلفية، قرار وزير الأوقاف واعتبره "هيمنة" على معاهد الدعوة، ووصف تصريحاته حول نشر المعاهد للفكر المتطرف ب "التصريحات الخاطئة". واتهم نصر، في تصريحات ل "البوابة"، وزارة الأوقاف بأنها تتربص للدعوة السلفية في بعض الأمور، مشيرا إلى أن قيادات الدعوة وخطبائها أول من طالبوا بتجديد الخطاب الديني والبعد عن الفكر المتطرف المتشدد - على حد قوله. وذكر المتحدث باسم الدعوة السلفية، أن الهيمنة على الجمعيات التابعة لهم ليس حلا لتجديد الخطاب الديني، موضحا أن التجديد يحتاج إلى خطوات صحيحة تقوم على الاستعانة بالقيادات الوسطية وتفعيل دور الدعوة السلفية وعقد مؤتمرات وندوات في المحافظات، وليس بإقحام معاهد الدعوة. وتابع نصر: "على وزير الأوقاف أن يتراجع عن هذه القرارات فالدعوة السلفية أول الداعمين لقرار الرئيس عبدالفتاح السيسي للبعد عن الفكر المتطرف، ولا يصح أن يتم الزج باسمها ضمن الكيانات التي تسعى الوزارة إلى الهيمنة عليها لانها تابعة لتنظيم الإخوان أو المتحالفين معها". وقال إن الدعوة على كامل استعدادها لمواجهة التيارات التكفيرية وانها تقوم الآن بالفعل في عقد الجلسات والندوات للتحذير من هذا الفكر والدعوة إلى تجديد الخطاب الديني. في سياق متصل، اتهم سامح عبدالحميد، القيادي بالدعوة السلفية وزير الأوقاف بأنه يسعى لما وصفه ب "افتعال الأزمات ومحاربة الدعوة". وقد صرح عبدالحميد "وزير الأوقاف فشل في منعنا من الخطابة، كما فشل في ضم مساجدنا للأوقاف، ونحن معتادون على مضايقات هذا الوزير، وما يقوله فرقعات إعلامية ربما لا يجد رصيدًا لها من الواقع". وتابع القيادي في الدعوة: "الأوقاف ليست جهة علمية بل جهة تنفيذية والأزهر هو الجهة العلمية وعلاقتنا جيدة بشيخ الأزهر، ومعنا بروتوكول رسمي ومعاهد الفرقان رسمية تابعة لجمعية الدعاة وليس هناك دليل على تطرفها لأنها تُدرس العلوم الشرعية "، مؤكدًا أن الأزهر هو الجهة العلمية التي تختص بمراجعة مناهج معهد الفرقان والحكم عليها إن كانت صالحة أو غير صالحة.