تصدرت الجامعة الأمريكيةبالقاهرة المركز الأول بين المؤسسات الأكاديمية بمصر، في Nature Index 2015 "مؤشر نيتشر" لعام 2015. ويعد هذا المؤشر بمثابة قاعدة بيانات للباحثين يتم جمع معلوماتها من البحوث العلمية التى تنشر فى مجموعة من 68 دورية علمية عالية الجودة، ويتم اختيارها بشكل مستقل، وجمع محتوى قاعدة البيانات عن طريق Nature Publishing Group بالتعاون مع Digital Science. وأضافت الجامعة حسب بيان إعلامى، أنه تم مؤخرا نشر 4 أبحاث فى مؤشر نيتشر 2015 خاصة بثلاثة من أساتذة بالجامعة الأمريكيةبالقاهرة، وهم الدكتور أحمد مصطفى، أستاذ مساعد فى المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم بالجامعة الأمريكيةبالقاهرة، والدكتور ناجح علام، أستاذ مساعد الفيزياء، والدكتور تامر شعيب، أستاذ مساعد الكيمياء ورئيس قسم الكيمياء. جدير بالذكر أن مؤشر نيتشر يقوم بتتبع الموضوعات العلمية عالية الجودة، ويقيم الأداء البحثى. وقال الدكتور أحمد مصطفى، أستاذ مساعد فى المعلوماتية الحيوية وعلم الجينوم بالجامعة الأمريكيةبالقاهرة، إن هذه الجائزة تعد اعترافا ملحوظا بجودة وأهمية البحوث العلمية التى أجراها أعضاء هيئة التدريس بالجامعة الأمريكيةبالقاهرة فى مجال علوم الأحياء والكيمياء والفيزياء. وأوضح الدكتور أحمد مصطفى أن مؤشر نيتشر، وهو نظام التصنيف الذى تم إصداره مؤخرا، يعد المقياس الأول الذى يقيس جودة البحوث المنشورة فى تصنيف المؤسسات الأكاديمية، مضيفا أن نظام التصنيف البسيط قائم على عدد المنشورات التى يساهم بها أعضاء هيئة التدريس من المؤسسات الأكاديمية، حيث يقوم مؤشر "نيتشر" بقياس حسابات الجودة والأهمية للبحوث الأولية للمقالات والبحوث عن طريق تتبع المنشورات فى 68 دورية علمية منتقاة.