قالت محكمة القضاء الإداري، برئاسة المستشار أحمد الشاذلي، في حيثيات حكمها الصادر برفض دعوى إسقاط الجنسية المصرية عن اللواء عمر عفيفي، إن السلطة التقديرية التي منحها المشرع لمجلس الوزراء في إسقاط الجنسية المصرية عن أحد المواطنين أو رفض إسقاطها ليست سلطة مطلقة، وإنما تخضع للرقابة القضائية. ولفتت المحكمة إلى أن قانون الجنسية المصرية تضمن تحديدا حصريا لحالات إسقاطها عن حامليها، وذلك متى ثبت للدولة ارتكابه أفعالا تمس الأمن القومي للوطن والمصالح العليا له، باعتبار أن الجنسية المصرية هي رابطة من الولاء والانتماء بين الفرد ووطنه وليست مجرد رابطة مادية، وإنما رابطة معنوية تقوم على أساس من التلاحم والاندماج في المجتمع المصري. وأشارت المحكمة إلى أن حافظة المستندات التي تقدمت بها وزارة الداخلية أثبتت أنها بحثت حالة عفيفي ولم تستدل على ما يفيد حصوله على الجنسية الأمريكية، كما أنه تعذر عليها الجزم بانضمامه إلى جهة أجنبية بعينها. وتابعت: "أوراق القضية جاءت خالية مما يثبت ارتكابه أية أعمال تقوض الأمن الوطني وتمس المصالح العليا للدولة، ولا يناقض ذلك ما أوردته بعض وسائل الإعلام من أقوال منسوب صدورها إليه وتشكل تحريضا على ارتكاب أعمال عنف وتخريب للمنشآت العامة، فتلك الأقوال لم يثبت صدورها منه على نحو قاطع.