أكدت مصادر إخوانية كانت مقربة من قصر الرئاسة فى عهد مرسى أنه لم يخاطر بالإفراج عن قيادات إسلامية دون موافقة الأمن العام، مع الاعتراف بأن «الهدف وراء قرار العفو عن 18 قيادياً إسلامياً والذى صدر فى 26 يوليو 2012 التقرب للأحزاب الإسلامية وإغلاق بعض ملفات القضايا التى صدرت فيها أحكام مسيسة فى عهد حسنى مبارك». أما نزار غراب، محامى الجماعات الإسلامية، فيرى أن مرسى يجب أن يتهم بعكس ما يقال الآن، مؤكداً أن قيادات الجهاد والجماعة الذين حصلوا على قرارات بالعفو وأحكام بإلغاء عقوباتهم فى عهد المجلس الأعلى للقوات المسلحة يفوق بكثير عدد القيادات الذين تم الإفراج عنهم فى عهد مرسى. ويؤكد غراب أن «سياسة مرسى فى هذا الملف كانت من أسباب معارضتنا له، فنحن نرى أنه اتبع توجيهات الغرب وأمريكا فيما يخص عدم إطلاق سراح قيادات الجماعات الإسلامية، وكان يبرر عدم العفو عنهم باعتراض الأمن العام، رغم أن الجميع يعرفون طبيعة هذه القضايا التى كانت المحاكم تصدر أحكامها فيها بناء على شهادات رجال الأمن فقط».ويوضح غراب أن بعض القيادات الذين تم الإفراج عنهم كانوا يستحقون ذلك بناء على النصوص القانونية الطبيعية بدون عفو رئاسى استثنائى، لأنهم قضوا أكثر من ثلاثة أرباع مدة العقوبة، أو صدرت أحكام ببطلان مثولهم أمام القضاء العسكرى، مشيراً إلى عدم إطلاق سراح المتهمين فى قضايا كثيرة مثل تفجيرات طابا ودهب والأزهر، رغم قضاء بعضهم مدداً تتيح الإفراج عنهم، ويتزامن هذا الجدل حول قرارات مرسى.. والذى يتراوح بين اتهامه بعدم أخذ موافقة الأمن العام وبين اتهامه بالاستناد إلى رأى الأمن العام.. مع وضع نص فى التعديلات الدستورية الحالية يلزم رئيس الجمهورية بأخذ موافقة مجلس الوزراء قبل إصدار قرارات العفو عن العقوبة، وكذلك مع بدء إعداد وزارة العدالة الانتقالية لقانون يعالج هذه المسألة، يطالب البعض بتضمينه نصاً يعيد من سبق الإفراج عنهم دون موافقة الأمن العام إلى السجون
