أعرب البابا تواضروس الثاني، بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، عن سعادته وتقديره لمشاركة الرئيس محمد مرسي في حفل التنصيب، مشيرًا إلى أنه سيكون أول رئيس جمهورية يشارك في الحفل، معتبرًا أن ذلك يعطي صورة طيبة لمصر أمام العالم كله. وأكد البابا أن هناك رؤى مشتركة وتعاونًا كاملا بين الأزهر والكنيسة، مشيرًا إلى أن هذا التعاون سيستمر في المرحلة المقبلة، ووصف علاقات الكنيسة مع الدولة ب«الطيبة على الدوام»، معربًا عن أمله في أن تكون هناك اتصالات دائمة بين الجانبين.
وقال البابا: "إن الكنيسة المصرية يمكن أن يكون لها دور فاعل في حل مشكلة مياه حوض النيل؛ من خلال العلاقات الوثيقة بين الكنيستين المصرية والإثيوبية"، مؤكدًا استعداده التام للتعاون إذا طلب منه ذلك من أجل صالح مصر.
وحول هجرة الأقباط التي تزايدت في الآونة الاخيرة، قال البابا: "إن مصر وطن غال لا يضارعه وطن في العالم"، معلنًا استمرار دور الكنيسة، طبقًا لما رسمه البابا شنودة الراحل.