خشيته «على المشروع الوطنى» كانت أحد دوافعه للترشح للرئاسة، مخالفا بذلك قرار جماعته السابقة بعدم ترشيح أحد قيادتها لهذا المنصب. حين اتخذ عبدالمنعم أبوالفتوح الأمين العام لاتحاد الأطباء العرب وعضو مكتب إرشاد جماعة الإخوان المسلمين السابق قراره بالترشح للرئاسة لم يكن غافلا عن توابع هذا القرار على مستوى الجماعة لكنه قال حينها: «مصلحة الوطن أهم عندى من مصلحتى الشخصية ومن مصلحة الجماعة»، فكان جزاؤه الفصل من التنظيم الذى أعاد أبوالفتوح ورفاقه فى الجماعة الإسلامية الطلابية ترميم جدرانه، بعدما كانت آيلة للسقوط.
انضم أبوالفتوح ومعه الآلاف من كوادر الجماعة الإسلامية الطلابية بجامعات مصر فى سبعينيات القرن الماضى إلى جماعة الإخوان بعد مفاوضات طويلة قادها الحاج عباس السيسى القيادى التاريخى بالجماعة.
موقفه التاريخى مع الرئيس السادات حفر أسمه وصورته فى اذهان جيله، فالطالب العشرينى رئيس اتحاد طلاب مصر واجه مع رفيقه حمدين صباحى، رئيس الدولة بما يرونه «سلبيات» حكمه، مما دفع السادات إلى أن يزجر أبوالفتوح بجملة شهيرة «قف مكانك يا ولد إنت بتكلم رئيس الدولة».
ذهب السادات واستمر أبوالفتوح فى نضاله ضد نظام مبارك ودفع ضريبة نضاله من حريته حيث سجن 5 أعوام فى قضية عسكرية منتصف التسعينيات، فضلا على اعتقاله فى عام 1981 ضمن اعتقالات سبتمبر الشهيرة.
كانت له مواقف حادة مع جماعته السابقة ففى الوقت الذى رفضت فيه الجماعة ترشيح المرأة والقبطى لرئاسة الجمهورية، فى مسودة برنامجها الذى نشر مطلع 2007، جاهر أبوالفتوح حينها بأن موقف الإخوان خطأ، كما خالف رأيها حين زار الأديب العالمى نجيب محفوظ فى عيد ميلاده التسعين، وهو ما عرضه لهجوم حاد من قادة التنظيم حينها.
ومع اندلاع الثورة رفض أبوالفتوح المفاوضات التى بدأت قيادات الجماعة حينها تجريها مع نائب الرئيس السابق عمر سليمان، وقال فى تصريح شهير: «كل من يتفاوض مع سليمان لا يعبر عن الجماعة»، بالرغم من أن المفاوضات تمت بين الثلاثى سعد الكتاتنى ومحمد مرسى وعصام العريان وبين رئيس المخابرات السابق.
وكان أبوالفتوح ومنذ تنحى مبارك ولا يزال دائم الانتقاد لسياسات المجلس العسكرى فى إدارة شئون البلاد، وكان له قول مأثور فى هذه القضية «إنه مع الخروج العادل للمجلس العسكرى وليس الآمن»
