قرر بنك السودان المركزي تعديل سياساته المالية لعام 2011، وفك الارتباط بينه وبنك جنوب السودان، ووجه المصارف والمؤسسات المالية العاملة بالتعامل مع مصارف الجنوب بنفس الطريقة التي يتم التعامل بها مع المصارف الأجنبية الأخرى. ووجه البنك بألا تتم التحويلات للجنوب إلا بعد توفير الغطاء اللازم بواسطة البنك المراسل بالعملات الأجنبية القابلة للتحويل، واتباع الضوابط والإجراءات في عمليات الصادر والوارد والتعاملات بالنقد الأجنبي بنفس الطريقة التي تتم بين المصارف في دولتين، كما قرر البنك فصل مقاصة تحصيل الشيكات مع فروع المصارف التجارية العاملة بجنوب السودان اعتبارا من أمس الأول، وإيقاف تحصيل الشيكات الصادرة عن المصارف العاملة بجنوب السودان وفروعها بواسطة المصارف السودانية بكافة أنواعها اعتبارا من التاريخ نفسه. كما تقرر فصل وإيقاف العمل بالنظم الالكترونية المتمثلة في الشبكة المصرفية، ومحول القيود القومي من المصارف والفروع العاملة بجنوب السودان، وطالب البنك الصرافات وشركات الخدمات والتحويلات المالية وجميع المؤسسات العاملة في هذا المجال ولها فروع بالجنوب، بتوفيق أوضاع فروعها فورا، وفك الارتباط بين بنك السودان المركزي وبنك جنوب السودان في المجالات المحاسبية وشؤون الأفراد وغيرها.