ردت حركة الجهاد الإسلامي، على الاتهامات المزعومة التي كالها إليها جيش الاحتلال الإسرائيلي بالمسئولية عن قصف مستشفى الأهلي المعمداني، في محاولة من قبله لتبرئة نفسه من هذه المجزرة التي أثارت غضبا عربيا وإقليميا ودوليا واسعا. وقالت حركة الجهاد في بيان لها، إن الاتهامات التي يروج لها العدو باطلة والمقاومة لا تستخدم المنشآت العامة مراكز عسكرية. وأضافت الحركة: «العدو يبرر من خلال الأكاذيب استهدافه للمشافي بهدف التنصل من المسؤولية عن جريمته». وأشارت الجهاد الإسلامي، إلى أن مستشفى المعمداني وغيره في غزة تلقى أمام مرأى العالم تهديدات علنية بالإخلاء تحت طائلة القصف، موضحة أن تضارب روايات العدو يكشف كذبه وما يردده على وسائل الإعلام محض فبركة وافتراء. وكان جيش الاحتلال قد اتهم حركة الجهاد الإسلامي بالمسئولية عن قصف المستشفى، مدعيا أنها جناحها العسكري (سرايا القدس)، كان بصدد إطلاق رشقات صاروخية على إسرائيل، لكنها أحدها سقط على المستشفى، وفقا للإدعاءات الإسرائيلية. الرواية الإسرائيلية نفسها حملت نوعا من التضارب، ففي الوقت الذي كان جيش الاحتلال قد تحدث فيه عن أنه لم يوجه أي قصف على المستشفى، عاد في وقت لاحق ليؤكد أنه قصف مرآبه. هذا التضارب فُسِّر فلسطينيا، بأنه يعبر عن حالة تخبط يواجهها الاحتلال، بعدما خلفت المجزرة التي ارتكبها موجة واسعة من الغضب والتنديد.
