هاجم الدكتور على جمعة مفتى الجمهورية السابق الشيخ يوسف القرضاوى رئيس الاتحاد العالمى للعلماء المسلمين قائلاً: "أنت أصبت بتصلب الشرايين والزهايمر، وبلغت 86 عاماً وليس لك دخل فى مصر". وأضاف جمعة خلال مداخلة هاتفية مع الإعلامية منى الشاذلى ضمن برنامج "جملة مفيدة" على "MBC مصر" نحن ننصحك، أنت رجل مريض، عافاك الله، وكل ما يصدر منك لا يعد علماً ولا تقوى وأدعو لك بالشفاء". وأكد أن ما صدر من القرضاوى لن يعفيه من المساءلة القانونية، ولن ينجيه سوى أن يملك الشجاعة ويخرج للناس ويكشف عن مرضه، فليس على المريض حرج. وأوضح الدكتور على جمعة مفتى الديار المصرية السابق، حقيقة ما حدث معه بكلية دار العلوم بجامعة القاهرة، حيث كان يناقش رسالة دكتوراه لأحد الطلاب، عندما قام مجموعة من الشباب بالهتاف ضده، وامتد الهتاف للسباب والمطالبة برحيله، وقال إن مناقشة الرسالة استمرت وهؤلاء الطلاب تلقوا اتصالات وتوصيات من قيادات الإخوان لكى يفعلوا ذلك أمام جموع الطلاب. وأضاف جمعة فى تصريحات خاصة "كنت أتمنى أن يستمع الناس للشتائم القذرة التى علمها قيادات الإخوان للشباب، لقد صورناهم من البداية للنهاية، ولم أغادر مكانى وأكملنا المناقشة لمدة 3 ساعات، وأعطينا الطالب درجة ممتاز". وشدد الدكتور على جمعة على أن جماعة "الإخوان المسلمين" عليها أن تعيد تنظيم وهيكلة القيادات لتعرف كيف تربى شبابها فى المستقبل، مشيرا إلى أن شباب الإخوان يستحلون الكذب والقيادة الفاسدة هى السبب.