بالتعاون مع وزارة المالية قدم بنك مصر خدمة سداد الضرائب والجمارك مما يتيح البنك هذه الخدمة من خلال شبكة من الفروع 281 فرعاً منتشرة فى جميع أنحاء الجمهورية. ومن المزايا التى تمنحها خدمة سداد الضرائب للأفراد والمؤسسات تجنيب العميل المخاطر وتبسيط عملية السداد عن طريق السداد المباشر لحساب العميل. مع إعطاء العميل مستنداً يفيد قيامه بالسداد، ولم يقتصر الأمر عند هذا الحد بل يمكن للعميل السداد بوسائل مختلفة نقداً أو خصما من الحساب الجارى، فضلا عن إتاحة الخدمة للعملاء وغير العملاء وأخيراً تواجد عدد كبير من منافذ السداد، كما تساهم الخدمة فى توفير عنصرى الأمان والسرعة للعميل وذلك لعدم التقييد بالسداد داخل المأمورية المسجل بها وعدم الالتزام بالتوزيع الجغرافى فى إطار التيسير على الممولين وتحقيق اللامركزية فى تحصيل الضرائب، وعدم المخاطرة فى حمل الأموال للسداد. أما بالنسبة لخدمة سداد الرسوم الجمركية فقد كان بنك مصر أول بنك فى مصر يتيح السداد للجمارك سواء للأفراد أو الهيئات الحكومية منذ ديسمبر 2005، حيث تمكن هذه الخدمة العميل من الاستعلام عن الرسوم الجمركية المستحقة عليه أو على مؤسسته وسدادها من خلال جميع فروع البنك والتى تقدم هذه الخدمة.