في اللحظات الأخيرة، فاجأ البابا شنودة بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، كلية الحقوق بجامعة القاهرة بالاعتذار عن حضور مناقشة رسالة الدكتوراة التي تقدم بها د.نبيل لوقا بباوي عضو مجلس الشوري لنيل درجة الدكتوراة السادسة وموضوعها «مشاكل الأحوال الشخصية للمسيحيين في النظام والقانون المصري»، الأمر الذي عطل مناقشة الرسالة لترجئ لأجل غير مسمي حيث إن البابا أحد أعضاء لجنة المناقشة. التغيب المفاجئ للبابا أثار جدلاً موسعًا حول ما إذا كان السبب إصابته بوعكة صحية مفاجئة أو أن ذلك رسالة تعكس عدم رضا البابا عن بباوي، حيث كان من المقرر حضور البابا بحسب الباحث الذي أكد أنه التقي البطريرك بالكاتدرائية قبل موعد المناقشة بساعة ونصف الساعة وأكد له حضوره، إضافة أن التواجد الأمني كان كثيفًا لتأمين البابا ووزير الأوقاف د.حمدي زقزوق عضو لجنة المناقشة الذي حضر في موعده بناء علي تأكيدات سابقة بحضور البابا. وكان د.هاني هلال وزير التعليم العالي قد حضر لمتابعة المناقشة التي تم إلغاؤها، وعدد من أساتذة القانون والسياسة منهم د.نبيل حلمي أستاذ القانون الدولي ود.مصطفي علوي، فيما انهمك بباوي في التسجيل مع الفضائيات وتوزيع توصيات الرسالة ليفاجأ بتغيب البابا. تكهنات غضب البابا علي بباوي رجحتها تصريحاته خلال تغيب البابا في الدير والتي نشرها في عدد من الصحف قائلاً فيها إن تواجد البابا في الدير ليس اعتكافًا ولا وعكة صحية بل لقراءة رسالة الدكتوراة الخاصة بي أي بباوي الذي أضاف أن البابا سيحضر لمناقشتها. قال د.نبيل بباوي ل«روزاليوسف» إنني اتعجب كثيرًا لاعتذار البابا شنودة الذي أكد لي قبل ساعات ونصف الساعهة من موعد بدء مناقشة الرسالة أنه سيأتي ومعه الأنبا يوأنس والأنبا ارميا ومشاركة عدد من الأساقفة ولكنني فوجئت باعتذاره لي في اللحظات الأخيرة، مشيرًا إلي أن البابا قد تعرض إلي «نزلة بردد شديدة» منعته من الحضور أو أي أسباب صحية أخري لا يعلمها أحد، لافتًا إلي أن مناقشة رسالته ستكون بعد عيد الميلاد المجيد. فيما علمت «روزاليوسف» أن البابا قرر وأصر علي تواجده في لجنة البر صباح اليوم الذي يقوم فيها بتوزيع المعونات الكنسية وتقديم تبرعات للأسر القبطية الفقيرة، حيث يحرص البطريرك علي معرفة هؤلاء الأسر ومدي احتياجاتهم من أموال وتبرعات.
