حسم البابا شنودة الثالث بابا الاسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية الجدل حول لائحة البطريرك معلنا رفضه القاطع للتعديل قائلا: لن أغير اللائحة لأنها تخص من يأتي بعدي كما أن تعديلها لايتم من خلالي فقط ولكن من خلال هيئة كنسية رسمية هي المجمع المقدس. وأشار البابا إلي أن الذين يفكرون في تعديل لائحة البطريرك يريدون منع شخص معين من الدخول في الترشيحات الباباوية أو تفعيل بنودها علي شخص محدد وهذا لن يحدث اطلاقا قائلا: أريد أن أخبركم بأن الأمور الكنسية والقرارات تتخذ وتطبق بالاجماع من خلال الاساقفة أعضاء المجمع المقدس. وأكد خلال عظته الاسبوعية أمس الاول رفضه القيام إلغاء القرعة الهيكلية لاختيار البطريرك الجديد معلنا خروجه عن صمته قائلا: "أنا ساكت ساكت وهما العلمانيين قاعدين يلعبوا ويحلموا وأنا فاهم اللعب ده كويس وكمان أن لم أستلم منهم شيئا كما يروجون.. سيبكم من الموضوع علشان بيفلفلهم ويشطشطهم". وتوعد البابا بتطهير الكنيسة من المخطئين والفاسدين في الفكر المسيحي.