تصاعدت حالة الانقسام بين القوي السياسية حول المجلس الاستشاري الذي شكله المجلس العسكري، ففي الوقت الذي اعتبرته قوي وأحزاب ليبرالية ضرورة لحماية الدولة المدنية مع حصول الإخوان علي نسبة كبيرة في المرحلة الأولي للعملية الانتخابية، اعتبرته القوي الإسلامية بوابة لتمرير ما جاء في وثيقة «السلمي». في تصريحات خاصة ل«روزاليوسف» استبعد المستشار مصطفي الطويل الرئيس الشرفي لحزب الوفد فكرة الصدام بين المجلس العسكري والإخوان بسبب المجلس الاستشاري، وأضاف: إذا حدث الصدام فيعني أن الإخوان تجاوزوا مرحلة الغرور، خاصة أن تيارات كثيرة من الشعب التي انتخبتهم سترفض فكرة الصدام مع المجلس العسكري وستقف خلفه، فالمجلس يحمي الدولة المدنية في الوقت الذي يرغب الإخوان في الانفراد بصياغة الدستور بهدف تعديل المادة الخامسة التي تمنع إقامة أحزاب علي أساس ديني، وذلك لضمان بقائهم. ومن جانبه هاجم عاصم عبدالماجد القيادي بالجماعة الإسلامية صلاحيات المجلس الاستشاري ووجه كلامه لأعضاء المجلس قائلاً: علي القيادات التي انضمت له أن تحفظ تاريخها وتترك عضويته ويكفيها الأدوار المماثلة التي لعبتها أيام الرئيس السابق حسني مبارك ونتوقع ألا تستمر فكرة المجلس طويلاً لأنها جاءت كباب خلفي لتطبيق وثيقة السلمي. وتابع: من يزعم أن المجلس يستهدف حماية الدولة المدنية نقول له: «بل ديكتاتورية الأقلية» التي فشلت في الوصول للبرلمان بالانتخاب، وفسر استمرار السلفيين في المجلس الاستشاري من خلال د.عماد عبدالغفور رئيس حزب النور السلفي بجزء من الصراع السلفي - الإخواني، فالسلفيون لا يريدون التحرك تحت عباءة الإخوان، وسنري أن أحزاباً طفيلية ولا تواجد لها في الشارع حريصة علي التواجد بالمجلس الاستشاري. رداً علي ذلك صرح محمد سعيد المتحدث باسم حزب النور السلفي بأنه لم يتحدد موقف الحزب إلا بعد انتهاء الهيئة العليا من دراسة صلاحيات المجلس الاستشاري، وكذلك الحال من جهة الجماعة الإسلامية حسب تصريحات نصر عبدالسلام القيادي بحزب «البناء والتنمية». وفي سياق متصل لرفض تشكيل المجلس الاستشاري اعتبر حزب «الثورة المصرية» تشكيله يعكس رغبة في إبعاد القوي الشبابية الثورية عن المشهد لصالح القوي السياسية التقليدية التي هي جزء من النظام السابق، وأضاف في بيان أصدره «المجلس الاستشاري سيكون مجلساً شكلياً منزوع الأنياب، حيث إن الأعضاء المختارين ليس لهم علاقة بالمشهد الثوري الذي هو علي خلاف الآن مع المجلس العسكري. وأوضح أحمد خيري عضو المجلس الرئاسي لحزب المصريين الأحرار وعضو المجلس الاستشاري أن المجلس لن يتدخل في صياغة الدستور المقبل للبلاد وأن دوره يقتصر فقط علي إبداء الرأي والمشورة للمجلس العسكري بجانب صياغة معايير تشكيل اللجنة التأسيسية لصياغة الدستور الجديد للبلاد، مؤكداً أن القرار النهائي سيكون لمجلسي الشعب والعسكري وهو ما أكده عصام النظامي عضو اللجنة التنسيقية لشباب الثورة وعضو المجلس الاستشاري، مشيراً إلي أن الرافضين الآن هم من طالبوا من قبل بإنشاء مجلس مدني، إضافة إلي أن ممثلين للإخوان بالاجتماع كانوا قد طالبوا بمهلة لإبداء الرأي. في حين انسحبت عناصر الإخوان من الاجتماع وفي مقدمتهم أسامة ياسين ود.محمد مرسي رئيس حزب الحرية والعدالة، لافتين إلي أن المجلس الاستشاري سيقفز علي دور البرلمان المقبل وعلي تشكيل الدستور الجديد للبلاد. من خلال المؤتمر الانتخابي لمرشحي الحرية والعدالة بسمالوط للقائمة الشمالية صرح الدكتور سعد الكتاتني أمين عام الحزب الذي شارك بالمؤتمر من خلال اتصال هاتفي، وتم وضع الهاتف علي الميكرفون لكي يسمع الحضور أننا دعينا إلي المجلس الاستشاري من قبل المجلس العسكري ولكننا رفضنا المشاركة بعد أن شعرنا أن المجلس العسكري يريد التدخل في شرعيات مجلس الشعب وكذلك الجمعية التأسيسية التي من شأنها وضع الدستور، لذا اعترضنا عن حضور هذه الجلسات التي لا تحترم إرادة الشعب. واختتم الكتاتني كلمته عبر الهاتف معاهداً الحضور علي تحقيق أهداف ثورة 25 يناير بالمنيا من خلال البرنامج الانتخابي للحزب. ومن جانبه هاجم د.جابر جاد نصار أستاذ القانون بجامعة القاهرة فكرة المجلس وقال في تصريحات خاصة: المجلس لا قيمة له فهو مجرد بدعة ولا سند له في ظل المرحلة الانتقالية التي تمر بها البلاد لأننا في مرحلة بناء المؤسسات العامة للدولة. وأضاف: لا يجب السماح بوجود أي كيان مواز لمجلس الشعب لأننا إزاء خطوات جادة لنقل السلطة لحكومة مدنية منتخبة، فلو أرادوه استشارياً لحلت محله المجالس القومية المتخصصة، وطالما أن المجلس سيسلم السلطة خلال 6 شهور فلا حاجة لهذا المجلس الاستشاري.