مسجد الرفاعى أنشئ 1329 هجرية الموافق 1911م. يقع هذا المسجد فى مواجهة مسجد السلطان حسن على يسار الطالع إلى القلعة، فى مكان كانت تشغل جزءا منه زاوية الرفاعى، وفى سنة 1286 هجرية = 1869م أمرت المغفور لها الأميرة خوشيار والدة الخديو إسماعيل بهدم هذه الزاوية والأبنية المجاورة لها بعد أن اشترتها لإقامة مسجد كبير مكانها يلحق به مدفن لها ولسلالتها وضريحان للشيخ على أبى شباك الرفاعى والشيخ عبد الله الأنصارى ممن كانوا مدفونين بالزاوية المذكورة. فقام حسين باشا فهمى المعمار وكيل ديوان الأوقاف فى ذلك الوقت بوضع تصميم المسجد، وأشرف على التنفيذ خليل أغا، واستمر العمل حتى ارتفع البناء نحو مترين عن سطح الأرض، ثم أوقفت عندما رؤى إدخال بعض تعديلات على التصميم. وفى سنة 1885م توفيت الأميرة خوشيار ودفنت فى ضريحها الواقع بالجزء البحرى للمسجد، وعندما توفى الخديو إسماعيل دفن مع والدته. وفى سنة 1905 عهد المغفور له الخديو عباس الثانى إلى هرتس باشا باشمهندس لجنة حفظ الآثار العربية وقتئذ بتكملة المسجد فاتبع تصميم حسين باشا المعمار على قدر المستطاع وأبقى على فكرته الأصلية وهى إنشاء بناء ضخم يتناسب مع ضخامة مسجد السلطان حسن، أما أعمال الزخرفة فقام بتصميمها هرتس باشا واستمر العمل فيه إلى أن تم فى آخر سنة 1911م. ووجهات المسجد شاهقة مرتفعة تحليها صفف عقودها محمولة على أعمدة وتتوجها شرفات مورقة وبهذه الصفف من أسفل شبابيك من النحاس الجميل التصميم تعلوها شبابيك من الجص المفرغ. وقد روعى فى تصميم الوجهات التماثل التام على عكس المساجد المملوكية التى كان أغلبها يبنى بدون أن يقيم مهندسوها وزنا للتماثل بين أجزاء وجهاتها. ولهذا المسجد ثلاثة مداخل أحدها الواقع فى منتصف الوجهة الغربية - الباب الملكى- وهو مدخل مرتفع تكتنفه أعمدة وتغطية قبة ذات مقرنصات جميلة ويكسو جوانبه وأعتابه رخام مختلف الألوان. والمدخلان الآخران يقعان فى الوجهة القبلية ويكتنفها برجان أقيم عليهما مئذنتان بنيتا على طراز المآذن المملوكية. وقد بنى هذا المسجد على رقعة مستطيلة من الأرض خصص الجزء الأوسط منها تقريبا للصلاة وخصص باقى المساحة للمداخل والمدافن وملحقاتها. والقسم المخصص للصلاة عبارة عن مربع تغطيه قبة ذات مقرنصات جميلة محمولة على أربعة عقود مرتكزة على أربعة أكتاف بأركان كل منها أربعة أعمدة رخامية تيجانها منقوشة ومذهبة، ويحيط بهذه القبة ويغطى باقى مسطح المسجد أسقف خشبية حليت بنقوش مذهبة جميلة كما حليت بواطن العقود بزخارف منوعة. وكسيت الحوائط والأكتاف بالألبستر والرخام المختلف الألوان المحلى بزخارف عربية بديعة، وبوسط الجدار الشرقى محراب كبير كسى بالرخام الملون الدقيق، وإلى جانبه منبر خشبى دقيق الصنع طعمت حشواته بالسن والأبنوس، ونقشت مقرنصات بابه وخوذته بالنقوش المذهبة. ويضاء المسجد بالثريات المصنوعة من النحاس المفرغ بزخارف جميلة وبالمشكاوات الزجاجية المشغولة بالمينا، والتى صنعت خصيصا له. وعلى العموم فهذا المسجد من الداخل يعتبر من أغنى المساجد زخرفة ونقشا فقد عنى مهندسه بتجميله وزخرفته عناية فائقة بحيث أصبح بالصورة التى نشاهدها الآن. ومدفون به عدا الشيخين الآنفى الذكر، المغفور لها الأميرة خوشيار مؤسسة المسجد والمغفور لهم الخديو إسماعيل والسلطان حسين كامل والملك فؤاد وغيرهم من أزواج الخديو إسماعيل وأولاده. ويعلو المقابر مجموعة رائعة من التراكيب الرخامية الجميلة التى صنعت من أفخر أنواع الرخام، وبلغت فيها دقة الصناعات شأنًا رفيعا.
