دخل حزب النور معارك كثيرة تحت قبة البرلمان فى دور الانعقاد الأول للمجلس، وكانت النتيجة خسارته لكل معركة بسبب إصرار نوابه فى البرلمان على الآراء المتشددة التى تعكس توجهات الحزب الدينية. الغريب أن هذه المعارك بعضها كان الحزب يوافق على اتخاذ قرارات فى قضايا بعينها فى فترات سابقة، ثم يأتى فى مثل هذا التوقيت ليعترض على نفس القضية، ومن بينها إعلان الحزب رفضه لقرض صندوق النقد الدولى، ثم جاء الاعتراض الواضح من نواب فى حزب النور حول قانون بناء وترميم الكنائس. وتعد آخر المعارك التى خسرها حزب النور تحت قبة البرلمان، هى معركة ختان الإناث فحين رفض نواب اللجنة الدينية فى البرلمان هذه العادة، وطالبوا بتغليظ عقوبة ختان الإناث، اعتبر نواب بحزب النور أن ذلك يخالف الشرع والدين. ففى أزمة ختان الإناث أكد النائب محمد خليفة ممثل الهيئة البرلمانية لحزب النور، أن هناك أحاديث نبوية أثبتت جواز ختان الإناث إلا أن هناك 7 من أنواع الختان المعروفة فى إفريقيا مخالفة للسنة وهذه تحتاج فعليًا للتجريم، معتبرًا أن هناك نوعًا آخر من ختان الإناث فى الدين، واتفق عليه عدد من فقهاء الأزهر الشريف ولكن بما لا يضر المرأة، بالإضافة إلى أن هناك ضرورة طبية لذلك. ورفض النائب تجريم ختان الإناث على الأطلاق، لافتًا إلى أنه سيسلم تقريرًا بشأن الختان الذى يحتاج إلى تجريم، بينما هناك نوع واحد أكدته السنة النبوية لابد أن يستمر. أما النائب أحمد خليل المتحدث باسم الهيئة البرلمانية لحزب النور، فدعا إلى ضرورة وضع فتاوى الختان للشيخ عبدالحليم محمود، والدكتور جادالحق على جادالحق، ونصر فريد واصل فى مضبطة الجلسة حتى يمكن حسم الجدل حول هذه القضية. كل هذا يأتى رغم موافقة البرلمان على تغليظ عقوبة جريمة ختان الإناث ليخسر نواب النور معركتهم تحت القبة، وحسم مجلس النواب موقفه النهائى من قضية ختان الإناث وتغليظ العقوبة، حيث وافق مجلس النواب فى الجلسات الأخيرة له بدور الانعقاد الأول وبشكل نهائى على مشروع قانون بتعديل العقوبات فى شأن تغليظ عقوبة ختان الإناث، وينص التعديل فى القانون على عقوبة من يقوم بختان الإناث ويؤدى لعاهة مستديمة أو وفاة بالسجن المشدد، حيث شهدت هذه الجلسة خلافات شديدة بين أعضاء المجلس حول تغليظ العقوبة. وأكد النائب أسامة العبد رئيس لجنة الشئون الدينى، أن مشروع القانون لم يعرض على اللجنة، بالرغم من أن لجنة الشئون الدستورية فى تقريرها، أكدت استشارة علماء الأزهر الشريف، فى حين قال الدكتور على عبدالعال رئيس مجلس النواب: إن تعديل هذا القانون من بين شروط بعض الاتفاقيات الدولية التى وقعت عليها مصر، كما قال النائب إيهاب الخولى: إن البرلمان تمكن من تشديد العقوبة فى جريمة الختان، ولا يمكن العودة للوراء مرة ثانية. أما ثانى القضايا التى فشل فيها حزب النور فى دور الانعقاد الأول للمجلس فكانت معركة قانون بناء الكنائس حيث رفضه الحزب، بينما وافق البرلمان على القانون، وتصدر النور معركة الرافضين للقانون بل حاول نواب فى الحزب تشويه القانون وامتنعت الكتلة البرلمانية للحزب عن التصويت على القانون. ووقتها خرج الدكتور أحمد العرجاوى عضو مجلس النواب عن حزب النور، ليقول عن قانون بناء وترميم الكنائس: إن الدستور نص على أن دولتنا إسلامية، والدستور لم يذكر أننا دولة مسيحية، ولما الغرب يعمل للمساجد زى ما بيعملوا للكنائس يمكن أن نقول نعم للكنائس. تابع العرجاوى: نحسبها بكل المقاييس وعدد السكان والمساحة ستجد هذا هو وضع الأقباط، ولا يمكن أن يتوغلوا أكثر من ذلك، وازاى لا ينفع أخد القرار من كبار المسئولين فى بناء الكنائس، ويكون القرار فى يد سكرتير الوحدة المحلية وبعدها سنجد فى كل عزبة وكل مكان كنيسة وهذا ليس منطقًا، لافتًا إلى أن جميع الأقباط يعيشون فى مصر بكل أمان وبكامل حريتهم وبكامل عبادتهم ولكن لا يمكن أن نترك الأمور على الغارب. وثالث معركة خسرها الحزب هى فشله فى تشكيل ائتلاف برلمانى، بعدما أعلن الحزب قبل بدء جلسات البرلمان عن عزمه تدشين ائتلاف يترأسه الحزب السلفى، ويضم عددًا من النواب المستقلين ألا أن الحزب فشل فى تشكيل هذا الائتلاف بعدما رفض نواب البرلمان المستقلون الانضمام له. ورابع المعارك التى خسرها حزب النور قانون ضريبة القيمة المضافة، حيث أعلنت الكتلة البرلمانية للنور رفضها للقانون الذى تقدمت به الحكومة إلى البرلمان وتحفظها على بنوده ألا أن البرلمان أيضًا وافق بأغلبية ساحقة على القانون. أما خامس معركة دخل فيها الحزب وخسرها أيضًا، فكانت معركة قرض صندوق النقد حيث أصدر نواب فى الحزب بيانًا يرفضون فيه القرض ورغم ذلك وقعته الحكومة.
