علي الرغم من أن زيارة الرئيس الايراني أحمدي نجاد للأزهر تعد زيارة تاريخية حيث لم تحدث من قبل إلا أن تلك الزيارة عكرت صفو الرئيس الايراني بعدما صدمته كلمات شيخ الأزهر د. احمد الطيب التي جاءت مؤكدة علي عدد من النقاط التي تمثل حساسية خاصة لدي الجمهورية الايرانية. وهي النقاط التي أثبتت أن الأزهر هو حصن المسلمين وحامي العرب والمدافع عن أي تدخلات في شئون دول الخليج من منطلق دور مصر المربوط بمقام الأزهر. وقد كانت ابرز تلك النقاط التي عكرت صفو لقاء نجاد بشيخ الأزهر هو حديث د.احمد الطيب عن حقوق أهل السنة في ايران، ورفض الأزهر التدخل الايراني في شئون البحرين، وقضية وقف نزيف الدم السوري وموقف ايران الداعم للنظام السوري السفاح، ثم قضية عدم اعادة اي علاقات مع ايران في مجال التقارب المذهبي إلا بعد فتاوي تصدر من المراجع الشيعية تجرم سب الصحابة، والتأكيد علي عدم التدخل في شئون دول الخليج «العربي» وليس الفارسي. من جهة اخري اكد مصدر مسئول بالأزهر الشريف ان الموقف الذي حدث من مقاطعة مترجم الرئيس الايراني أحمدي نجاد لكبير مستشاري شيخ الأزهر د.احمد الطيب جاء بسبب تناول د.الشافعي لنقاط النقاش الحساسة التي حدثت بين شيخ الأزهر والرئيس الايراني. أضاف في تصريح خاص ان تلك النقاط تم الاتفاق من قبل الجانب الايراني علي عدم ذكرها في وسائل الاعلام كي لا تظهر أن هناك نوعًا من الخلاف مع الأزهر، وان إيران عازمة علي تأكيد تلك العلاقات ومحاولة انهاء الخلاف الحادث بسبب بعض الفتاوي القديمة، وما يتردد عن اضطهاد أهل السنة. وكان الشافعي قد أكد خلال المؤتمر الصحفي المشترك مع الرئيس الإيراني أحمدي نجاد: «أن سب الصحابة والنيل من زوجات الرسول ليست قضايا تاريخية وإنما واقعية تعكر صفو العلاقات مع إيران». ولفت إلي أن شيخ الأزهر اكد حقوق أهل السنة في ايران وأن إزالة تلك الاشياء ضرورة للوحدة الاسلامية، وأن الأزهر مصمم علي هذا الموقف، مؤكدا أن الموقف السوري حدث لبس له وتم الاتفاق علي ضرورة حل تلك المشاكل لإعادة العلاقات وتقويتها مع إيران.
