اشتدت المعركة بين أجهزة الدولة؛ خاصة بين المخابرات العامة من جهة، وعبدالفتاح السيسي، قائد الانقلاب والمخابرات الحربية من جهة أخرى؛ حيث أكدت التغييرات التي أجراها السيسي بنقل 19 موظفًا بالمخابرات العامة، إلى عدد من الوزارات المدنية، حجم الخلافات بين الجانبين. نقل 19 موظفًا تضمن نص القرار، الذي نشرته الجريدة الرسمية، نقل (عبدالله محمود مصطفى) "درجة ثانية"، و(خالد عبدالفتاح عبد المتجلي) "درجة ثالثة"، إلى وزارة الكهرباء، و(محمد مصطفى حسن) "درجة ثالثة"، و(عصام ربيع محمود) "درجة ثالثة"، إلى وزارة الاستثمار، و(وليد أحمد مرسي) "درجة ثالثة" إلى وزارة القوى العامة، و(معتز محمد عبدالرؤوف) "درجة ثالثة"، و(خالد علي غالب) "درجة ثالثة" إلى وزارة المالية، و(خالد سعد سالم) "درجة ثالثة"، و(أحمد سيد عبدالعظيم) "درجة رابعة" إلى وزارة الزراعة واستصلاح الأراضي. كما نص القرار، في مادته الثانية، على نقل 6 من العاملين في المخابرات بالوظائف المهنية، و4 من العاملين في وظائف معاوني خدمة، إلى عدد من الوزارات، على أن يعمل بالقرار اعتبارًا من 1 أغسطس المقبل. تسريب قناة مكملين أذاعت قناة "مكملين" الفضائية، في وقت سابق من العام الجاري، تسريبًا صوتيًا من مكتب عباس كامل، مدير مكتب السيسي، يكشف بشكل غير مباشر وجود خلافات بين المخابرات العامة وقيادات المجلس العسكري. وظهر في التسجيل، عباس كامل وهو يتحدث مع السيسي بخصوص أحمد قذاف الدم وضرورة مقابلته والتنسيق معه بشأن الأوضاع داخل ليبيا، وقال له نصًا -متحدثًا عن علاقة أحمد قذاف الدم بجهاز المخابرات العامة المصرية-: "هو بيتعامل يا فندم مع العامة "المخابرات العامة" واحنا إيدنا والأرض من العامة في كل حاجة، إيدنا والأرض في كل حاجة". السيسي لا يثق في المخابرات العامة وكشفت صحيفة "العربي الجديد"، في تقرير لها، عن وصول حجم الخلافات بين المخابرات العامة والحربية إلي ذروتها، وأكد مصدر أن "هناك أزمة واضحة بين أركان النظام المصري، متمثلة في الخلاف الشديد بين الاستخبارات الحربية من جهة، وجهاز الاستخبارات العامة الذي يترأسه اللواء خالد فوزي، من جهة ثانية". وأشار إلى أن "هناك تباينًا كبيرًا في تصور وآراء الجهازين بشأن الأحداث التي تمر بها البلاد وكيفية مواجهتها، بالإضافة إلى سريان حالة من الغضب داخل جهاز الاستخبارات العامة؛ بسبب تدخل الاستخبارات الحربية في أمور لا تعنيها تتعلق بإصدارها تقارير، وهي شأن خاص بالاستخبارات العامة". وينقل المصدر، عن قيادات بارزة في جهاز الاستخبارات العامة، لم يسمها، أن "السيسي لا يثق في الجهاز ويعتمد بشكل أكبر على الاستخبارات الحربية؛ نظرًا لخلفيته العسكرية وطبيعة عمله السابق، بإلاضافة إلى السبب الأهم والأبرز، وهو أن لديه انطباعًا، ربما يصل إلى حد التأكد من أن الجهاز، أي الاستخبارات العامة، ومعظم قياداته يدينون بالولاء للمرشح الرئاسي السابق، الفريق أحمد شفيق". في الإطار نفسه، أشار مصدر سياسي آخر إلى أنّ "الخلاف بين جهازي الاستخبارات انعكس بشكل كبير على قضية قطاع غزة"، لافتًا إلى وجود "قناعة راسخة لدى الاستخبارات العامة، باعتبارها المسؤول الرسمي من جانب الدولة، عن إدارة الملف الفلسطيني، ببراءة حركة "حماس" من الأحداث التي تشهدها سيناء، وتأكيد الجهاز أكثر من مرة لقيادات الحركة خلال لقاءات مشتركة، عدم توجيه أي اتهام إليهم، وتأكيدهم أنهم يعلمون أن الحركة غير متورطة في أحداث سيناء، وكذلك تأكيدهم أنهم غير مسؤولين عن الحملة الإعلامية ضدّ الحركة في الإعلام المصري". وتابع: "على النقيض تمامًا؛ هناك وجهة نظر مختلفة لدى الاستخبارات الحربية التي ترى أن "حماس" عدو صريح لهم". الوضع في سيناء كانت نشرة "إنتليجنس أونلاين الاستخباراتية الفرنسية"، قد تحدثت عن تصاعد التوتر بين رئيس المخابرات المصرية، خالد فوزي، ورئيس المخابرات العسكرية، اللواء محمد الشحات؛ بشأن الوضع المتدهور في سيناء؛ حيث يتهم فوزي الشحات "بالتدخل في نطاق صلاحياته". وقالت: إن السيسي يميل إلى جانب المخابرات العسكرية، بينما لا يمتلك ثقة كبيرة في المخابرات العامة، التي يُشتَبَه في أنها مختَرَقَة من قبل الإخوان المسلمين وأنصار المرشح الرئاسي الخاسر أحمد شفيق. وذكرت النشرة، أن الشحات ورئيس الأركان محمود حجازي، حَثّا السيسي على شن غارات ضد قطاع غزة، على غرار تلك التي شُنَّت في مدينة درنة الليبية في فبراير الماضي، زاعمَيْن أن حماس تقدم دعمًا لجماعة "أنصار بيت المقدس"، الأمر الذي رفضته المخابرات العامة، بوصف القرار يضع الجيش المصري في سيناء أمام تحديات أمنية مزلزلة. وأضافت النشرة، أن شك السيسي في ولاء بعض المسؤولين رفيعي المستوى في جهاز المخابرات الذين يعتقد أنهم يدعمون جماعة الإخوان المسلمين، هو الذي دفعه لتوجيه رئيس الجهاز بإقالة 11 ضابطًا، معظمهم من إدارة مكافحة التجسس، في وقت سابق. واعتبرت أن "نشر أسمائهم في مرسوم رسمي، يقضي بحرمانهم نهائيًا من العودة إلى الخدمة؛ ويعتبر مؤشرًا على مدى التهديد الذي تعتقد الحكومة أنهم يمثلونه"، واصفة ما حدث بأنه "هزة عنيفة" في جهاز المخابرات العامة المصرية.
