يواجه البابا تواضروس الثاني بطريرك الكرازة المرقسية الجديد العديد من القضايا والتحديات الهامة التي تواجه الكنيسة والشعب المسيحي أبرزها خمسة مشاكل رئيسية أولها قضية بناء الكنائس والخط الهمايوني حيث يطالب الاقباط بالغاء الخط الهمايوني العثماني الذي يحدد شروطاً صارمة لبناء الكنائس ويطالبون بقانون دور العبادة الموحد وهو القانون الذي يرفضه السلفيون والاخوان وتم فتح النقاش حوله بعد احداث كنيسة صول العام الماضي. وتعتبر مشكلة الهجرة من أبرز مشكلات الأقباط حيث تعيش النخبة القبطية اليوم مخاوف من تزايد معدلات الهجرة بين الشباب القبطي في ظل حكم الاخوان المسلمين وصعود السلفيين. وقدر عماد جاد عدد المهاجرين من الاقباط خلال عام ونصف بعد الثورة باكثر من 100 الف شاب. ويخشى المثقفون الاقباط من سيناريو تفريغ مصر من المسيحيين على غرار ما حدث في العراق بعد الغزو الاميركي. كما تتزايد الهجمات القانونية على اقباط بتهمة ازدراء الأديان ومخاوف من استخدام النظام الجديد الاخواني القانون للحد من حرية الاقباط ومحاولة التضييق عليهم وكان آخرها القبض على ألبير صابر بتهمة إزدراء الأديان. ومن أبرز التحديات أمام البابا الجديد عدم وجود عقاب لاحدث الفتنية الطائفية الخيرة سواء في اسوان او رفح وغيرها. أما الملف الذي ينتظره الجميع علاقة البابا الجديد مع الاخوان والخوف من محاولات الخضوع للسلطة الجديدة، خاصة مع صعود منافسة سلفية لها أكثر تشددا في مسائل المواطنة والحريات ورفض فكرة مدنية الدولة.