أشار الشاهد الثالث في "التخابر مع قطر " الى ان الرئيس المعزول "محمد مرسي" قد أصدر تعليماته بأن ترد الرسائل و الوثائق الموجهة لرئاسة الجمهورية اولاً لمدير مكتبه "أمد عبد العاطي " ليقوم هو بعرضه عليه وهو ما يخالف ما كان معروفاً بأن ترد تلك الرسائل و المكاتبات لديوان رئساة الجمهورية اولًا . وسرد الشاهد درجات السرية المختلفة ليقول بأن وأضاف الشاهد ان " سرى للغاية " هى درجة تخص خطط مستقبلية الخاصة بالقوات والمعلومات التي تخص الأمن القومي ، ودرجة "سرى جدا " تشمل بعض التقارير الامنية الحالية، فيما تختص درجة " سرى" بالتقارير السرية السنوية عن موظفى المؤسسةو "محظور" وهي وثائق لا يتم التعامل بها خارج المؤسسة ولفت ان من يحدد درجة السرية هي الجهة الراسلة للوثيقة. وأسندت النيابة إلى الرئيس المعزول محمد مرسي وبقية المتهمين اتهامات عديدة، من بينها ارتكاب جرائم الحصول على سر من أسرار الدفاع، واختلاس الوثائق والمستندات الصادرة من الجهات السيادية للبلاد والمتعلقة بأمن الدولة وإخفائها وإفشائها إلى دولة أجنبية والتخابر معها بقصد الإضرار بمركز البلاد الحربي والسياسي والدبلوماسي والاقتصادي وبمصالحها القومية. كما نسبت النيابة للمتهمين طلب أموال ممن يعلمون لمصلحة دولة أجنبية، بقصد ارتكاب عمل ضار بمصلحة البلاد، والاشتراك في اتفاق جنائي الغرض منه ارتكاب الجرائم السابقة، وتولي قيادة والانضمام لجماعة إرهابية تأسست على خلاف أحكام القانون الغرض منها الدعوة إلى تعطيل أحكام الدستور والقوانين ومنع مؤسسات الدولة والسلطات العامة من ممارسة أعمالها والاعتداء على الحريات.
