قال مصدر قضائي أن تعديلات قانون القضاء العسكري المقرر إصدارة لن يطبق علي القضايا المنظورة حالياً امام القضاء العادى ومنها محاكمة الرئيس المعزول محمد مرسى وقيادات جماعة الإخوان المسلمين وأوضح المصدر أن القوانين لاتطبق بأثر رجعى . وأشار إلى أنه لابد من صدور قرار من وزير العدل بنقل اختصاص نظر قضايا "مرسى" وقيادات الإخوان المنظورة حاليًا من القضاء العادي للقضاء العسكري لأن القانون لايجوز تطبيقه علي قضايا سابقة علي صدورة لا بهذا القرار . وقال المصدر أن اضافة جرائم الإرهاب إلى اختصاص القضاء العسكرى جاء طبقاً لنص الفقرة الثالثة من المادة 204 التى تنص علي "يحدد القانون تلك الجرائم ويبين اختصاصات القضاء العسكري الأخرى"، فالدستور أعطى صلاحية للمشرع بتحديد جرائم أخرى تدخل في اختصاص القصاء العسكري غير تلك التى سبق النص عليها. ولفت المصدر القضائي إلى أن اختصاص القضاء العسكرى وفقَا للدستور المصرى بات له نفس الضمانات ودرجات التقاضى مثل القضاء المدنى فكل ماجاء بقانونى الإجراءات الجنائية والمرافعات ويطبق في القضاء المدنى يطبق في القضاء العسكري حيث نصت المادة 204 في فقرتها الأولى علي أن "القضاء العسكري جهة قضائية مستقلة ". ونصت الفقرة الرابعة من ذات المادة على "أعضاء القصاء العسكري مستقلون وغير قابيلين للعزل ولهم كافة الضمانات والحقوق والواجبات المقررة لأعضاء السلطة القضائية" .