اتهم تقرير لهيئة الرقابة الادارية الدكتور محمد أحمد شريف رئيس جامعة المنيا بصرف مبالغ مالية لبعض اعضاء هيئة التدريس المنتمين لجماعة الاخوان المسلمين الارهابية بدون وجه حق حيث تبين أنه خلال الفترة من شهر سبتمبر 2013 حتي شهر فبراير 2014 تم ضبط 11 من اعضاء هيئة التدريس بالاضافة لأحد موظفي كلية الزراعة بجامعة المنيا وحبسهم احتياطياً على ذمة قضايا عقب فض اعتصامى رابعة والنهضة . وأضاف التقرير أنه خلال الفترة السابق الاشارة اليها قام رئيس الجامعة بالموافقة على صرف مبالغ مالية لهم تتمثل فى قيمة نصف اجرهم شامل الاساسي والاجور المتغيرة بالمخالفة للوائح وزارة المالية التى تجيز الصرف بقيمة نصف الاجر الاساسي فقط دون الاجور المتغيرة . و اشارت التحريات الى انه استند فى موافقته على الصرف لفتوى المستشار القانونى للجامعة بالرغم من قيام مدير الوحدة الحسابية بكلية الطب بابلاغ مدير عام الموازنة بادارة الجامعة بمخالفة ذلك الصرف ووجوب خصم ما تم صرفه دون وجه حق ، والذي بلغ ما امكن حصره حوالى مبلغ 30 الف جنية . ووافق على منح الدكتور ضياء احمد محمد المغازى نائب رئيس الجامعة لشئون خدمة المجتمع وتنمية البيئة (امين عام حزب الحرية والعدالة بالمنيا) اجازة بدون مرتب لمدة ثلاثة اشهر اعتباراً من 15/9/2013 بالقرار رقم 1552 وذلك بهدف عدم فصله نتيجة انقطاعه عن العمل حيث اكدت التحريات انه كان ضمن معتصمى رابعة العدوية وصادر له اذن من النيابة بالضبط والاحضار على خلفية ذلك ، وانه منذ تاريخ فض الاعتصام لم يدخل الجامعة هرباً من ضبطه بمعرفة اجهزة الامن ، فضلاً عن ان رئيس الجامعة كان قد اصدر قراره رقم 2104 بتاريخ 8/12/2013 بايفاد المذكور الى المملكة المتحدة لمدة عام فى مهمة علمية اعتباراً من 16/12/2013 وذلك باجراءات مخالفة وغير حقيقية عقب انتهاء اجازته فى محاولة منه لعدم فصله ومساعدته على الهرب خارج البلاد والاحتفاظ بوظيفته بجامعة المنيا فى ذات الوقت . كما أصدر تعليماته الشفوية لعميد كلية الزراعة (السابق ضبطه وحبسه احتياطياً على ذمة قضايا تحريض وتظاهر) بصرف كافة المستحقات المالية لكل من الدكتور ابراهيم زنوني ابراهيم والدكتور عطية محمد احمد من اعضاء هيئة التدريس بكلية الزراعة بالرغم من عدم حضورهما خضية القبض عليهما لسابقة صدور قرار النيابة العامة عقب فض اعتصام رابعة ، وقد بلغ ما امكن حصره من مبالغ تحصلا عليها بدون وجه حق حوالي مبلغ 126 الف جنيه . ولفت التقرير إلي قيامه بمنح عدد ثلاثة اعضاء هيئة تدريس من كليتى الطب ودار العلوم اجازات بدون مرتب باجراءات مخالفة ، حيث انهم مطلوب ضبطهم فى بعض القضايا ومن ضمنهم الدكتور عبد العليم عبد الله محمد الاستاذ بقسم طب وجراحة العين بكلية الطب بالمنيا والمتهم الرئيسي فى واقعة التعدي على كمين بني سويف واستشهاد افراده خلال شهر فبراير 2014 . كما أصدر تعليماته لادارة الجامعة بارسال افادات الى النيابات العامة المخلصة بالمنيا تبرئ ساحة بعض العاملين بالجامعة الذين تم ضبطهم خلال اشتراكهم فى مظاهرات واعمال عنف داخل الجامعة ومنهم الدالي خلف محمد – مشرف ادارة رعاية الشباب والمسئول عن تنظيم المظاهرات بالجامعة .
وأكد التقرير أنه قام بمساندة كل من عمداء كليات الزراعة والصيدلة والتربية والتربية الرياضية الحاليين والمنتميين لذات الجماعة التى يتبنى فكرها في انتخابات العمادة مما ادي لفوزهم بها .