على مدى ستة قرون كان حكام الرومان أعداء سياسيين ودينيين لأقباط مصر. وبسبب النزاعات الداخلية وزيادة الضرائب عليهم، هرب الفلاحون إلى الصحراء وبعضهم لجأ إلى كبار الملاك لحمايتهم. وفى عام 1641 فتح عمروبن العاص مصر، ورحب به الأقباط، واستقرت امور الدولة سياسيا واقتصاديا. وقام باستدعاء البابا بنيامين الذى هرب إلى الأديرة 13 عاما من حكم الرومان، وأعاده إلى كرسى البابوية بالإسكندرية، وطلب منه فتح الكنائس لممارسة طقوس العبادة. وتأكيدا لحقوق الأقباط فى مصر، بعث له سيدنا عمر خطابا يقول فيه «إذا أتاك أهل الذمة فاحكم بينهم بما يدينون» وخاصة فى مجال الأحوال الشخصية. ومازال هذا الحق مقررا فى الدساتير المصرية. وأثناء حكمه الرشيد، لم تستهدف أى معابد فرعونية أو يونانية أو رومانية، حيث ظلت على حالها حتى الآن، كما حافظ على الآثار المصرية باعتبارها تراثا إنسانيا.