مستقبل العلاقات بين مصر والسودان شمالا وجنوبا تحدده الانجازات التى يتم تحقيقها فى ملفات استراتيجية مثل المياه والأمن والكهرباء والتنسيق السياسى لمنع التدخلات الخارجية، هذا ماأكده عدد من الخبراء فى الشئون الافريقية ل «أكتوبر» ،كما تحدثوا عن اهمية التمثيل الدبلوماسى المتميز مع وضع آلية سريعة للتعامل مع كافة التحديات التى يتعرض لها مستقبل السودان بعد اعلان دولة الجنوب. د. سيد فليفل - عميد معهد البحوث والدراسات الافريقية سابقا - أكد ان مستقبل العلاقات بين مصر والسودان شمالا وجنوبا سيكون وفق المعطيات الحالية والمؤثرات العالمية والاقليمية مشيرا الى ان هناك تحرشا من بعض دول حوض النيل مصر والسودان بدعم الدول الاوروبية ذات المصالح والتى تتخذها كضغوط لتسوية ملفات أخرى اقليمية وعالمية ومن هذا المنطلق لابد من النظر الى أمر العلاقة من زاوية جديدة وبعد نظر يضمن المصالح لكل من مصر والسودان الشمال والجنوب. وطالب الإدارة المصرية بأن تعمل على حفظ التوازن فى علاقاتها المستقبلية بين السودان شمالا وجنوبا والتنسيق بينهما لتنفيذ مشروعات بنية تحتية ومحطات توليد كهرباء وتجنب هدر المياه مثل مشروع قناة جونجلى وذلك وصولا الى بعث جديد لكونفيدرالية تجمع بين الدول الثلاث. وأكد أ.د. السمانى النصرى - رئيس مركز البحوث والدراسات السودانية جامعة الزعيم الأزهرى بالسودان - أن مصر تستطيع ان تلعب دورا ايجابيا فى خلق روابط استراتيجية قوية بينها وبين دولتى الجنوب والشمال والحفاظ على سلامة قيام وتأسيس الدولة الجديدة والحد من الحروب الداخلية وانتشارها لما يسببه ذلك من زعزعة للامن القومى فى وادى النيل وأوضح أن مصر والسودان قامتا بعمل معاهدة تقسيم مياه النيل منذ عام 1959.. فمن المفترض أن يرث هذا الجزء المعاهدات التى قامت الدولة الأم بالتوقيع عليها ..وبالتالى سيرث الالتزمات الموجودة ناحية الطرف الثانى من الاتفاقية.. إلا إذا تطور الامر وبدأنا فى عمل اتفاقيات جديدة والى ان يحدث هذا سيظل عامل المصلحة مسيطرا على العلاقات مع الجنوب ...لكن اهم شىء فى المرحلة المقبلة توطيد العلاقات بين مصر وجنوب السودان لان هذا الامر سيوفر لنا الامن المائى المرتبط جديا بالامن القومى المصرى. ومن جانبه اكد د. حسين حمودة - الخبير فى الشئون الافريقية - ان التواجد المصرى الفعال فى جنوب السودان سيساهم بشكل كبير فى اقامة علاقات قوية بين مصر ودولة جنوب السودان الوليدة خاصة ان مصر قدمت مساعدات عديدة لجنوب السودان فى مجال الكهرباء والطرق والقطاع الطبى منذ خمس سنوات وهى تقوم بعمل مشاريع مهمة مثل مشاريع الكهرباء والطاقة وتقيم جامعة فى جوبا وايضا تقوم بإنشاء مدارس هناك بالإضافة إلى مشاريع الرى المصرى حيث يقوم بعمل تنظيف لمجرى النهر فى بعض افرع بحر الغزال وايضا قامت بعمل ثلاث محطات للكهرباء منها واحدة فى واو ...وايضا قامت بتجديد العمل فى قناة جونجلى.. وطالب د. حسين الادارة المصرية بأن تقوم بدور وسيط لحل المشاكل الحدودية بين الشمال والجنوب المتعلقة بمناطق جنوب كردفان وابيى والنيل الازرق. ومن جهته أشاد الدكتور حسين مراد رئيس قسم التاريخ سابقا ومدير مركز البحوث والدراسات السودانية - بمشاركة مصر بوفد رفيع المستوى فى احتفالات الإعلان عن ميلاد دولة الجنوب.