التعصب الدينى والتمييز ضد الأقليات الدينية إحدى الملاحظات التي ذكرها تقرير الهيومان ووتش قائلاً انه بالرغم من أن الدستور المصري يكفل للمواطنين المساواة في الحقوق بغض النظر عن الدين، فلا تزال هناك مشكلة تتمثل في التمييز ضد المسيحيين المصريين وعدم تسامح السلطات مع البهائيين وبعض الطوائف الإسلامية. ويمكن للمصريين غير المسلمين اعتناق الإسلام بدون مشاكل بصفة عامة، أما المسلمون الذين يعتنقون المسيحية فيواجهون مصاعب في تعديل وثائق الهوية. ويحظر القانون المؤسسات والأنشطة الجماعية الخاصة بالبهائيين. وفي أغسطس وأكتوبر 2007، احتجز الأمن ناشطين، هما محمد الدريني وأحمد صبح، وهما يروجان لحقوق الأقلية الشيعية المسلمة بتهمة "ترويج أفكار شيعية متطرفة .