استحدثت أمانة المجلس الاعلي للآثار ادارة لشئون المحميات الأثرية لآثار ماقبل التاريخ. يقول د. زاهي حواس أمين عام المجلس الأعلي للاثار: تشمل الادارة الجديدة المناطق الأثرية التي ترجع لعصور ما قبل التاريخ والتي ليس لها مثيل في العالم وتتميز كل واحدة منها بمميزات تاريخية خاصة بها. ويضيف: هناك محميات تصل مساحتها إلي 500 متر مربع وأخري تصل إلي 50 كيلو متراً مربعاً وتتسع لتبلغ 500كم2. وقام المجلس الأعلي للآثار بتحديد محمية الجلف الكبير ومحمية وادي صقر بجنوب سيناء ومحمية بئر طرفاوي بأسوان ومحمية سيوة ومحمية أبو منقار بالصحراء الغربية ومحمية الفرافرة ومحمية مرسي علم وكذلك محمية المناوي ومحمية حلوان علي بعد 18 كيلومتراً من حلوان وتسمي (سد جراوي). ويشير خالد سعد مدير ادارة آثار ماقبل التاريخ إلي أن المحميات الأثرية وصلت الأن إلي 37 محمية أثرية لأثار ما قبل التاريخ وجار عمل قاعدة بيانات أثرية لتحديد مميزات كل منها ومساحتها والجهة الادارية التابعة للمجلس الأعلي للآثار التي ستشرف علي ادارتها والدعوة لطرح هذه المحميات كمزارات سياحية خاصة انها محميات لايوجد لها شبيه علي مستوي العالم رغم انها لم تسجل بعد في سجلات اليونسكو.