رصدت غرفة العمليات المركزية بالمجلس القومي لحقوق الإنسان التي شكلها المجلس لمراقبة عملية الاستفتاء على مشروع الدستور بالمرحلة الثانية والتي تضمنت 17 محافظة 40 شكوى أبرزها تأخر فتح مقار الاقتراع في محافظة بورسعيد اللجنتين 15و16 ومقرهما مدرسة صفية زغلول الإعدادية بحي الزهور، و محافظة الجيزة اللجنتين رقما 17و18 ومقرهما مدرسة ترسا الابتدائية بالجيزة، ومحافظة دمياط. كما شهدت محافظة الجيزة تأخر وصول القضاة والمعاونين لهم وذلك بلجان مدرسة قرية المزغونة ومدرسة ترسا بالجيزة لجنة فرعية رقم 6 ومقرها مدرسة الحوامدية الإعدادية بنات بالحوامدية حيث قيام أفراد قوة تأمين اللجنة "أمناء الشرطة" بأعمال معاوني رئيس اللجنة وذلك لعدم وجود المعاونين باللجنة، في حين شهدت محافظة كفر الشيخ اللجنة رقم 1 ومقرها مدرسة الفكرية بكفرالشيخ منع مراقب المجلس بحجة عدم وجود صورة علي التفويض وشدد رئيس اللجنة علي أنه لن يقبل تواجد أي مراقبين باللجنة.
وفي الجيزة رصد مراقبي المجلس قيام أنصار حزب الحرية والعدالة باستخراج الرقم الانتخابي للمصوتين أمام اللجنة وتوجيه إرادة المصوتين وحثهم على التصويت "بنعم" وذلك لجان مدرسة الحوامدية الإعدادية بنات.
فيما رصد التحالف المصري الذي يضم 123 منظمة حقوقية اشتباكات وأعمال عنف في محافظ بورسعيد، وتوزيع دعاية انتخابية للتصويت " بنعم" على الدستور، فيما شهدت مدرسة أوسيم الثانوية التجارية طلب الأمن القائم على تأمين اللجان من رئيس اللجنة تحقيق الشخصية للسماح بدخول اللجنة وهو ما رفضه وانصرف اعتراضاً على ذلك.
كما رصد مراقبو التحالف وجود أخطاء في كشوف الناخبين بلجنة رقم 20 بمدرسة عثمان أحمد عثمان بالشيخ زايد حيث رصد وجود اسم السيدة/نعمات توفيلس قلدس متوفية منذ عام 2010مقيدة برقم 3394.
في السياق ذاته رصدت حملة "راقب يا مصري" التي تضم 13 منظمة حقوقية عدة انتهاكات أبرزها استمرار منع تصويت الأقباط لجنة 4بمدرسة فؤاد عويس بأبو المطامير لم تفتح حتى ألان، لوجود كتلة تصويت 5211معظمهم من الأقباط.
صد مراقب حمله راقب يا مصري باللجنة رقم 23مدرسة الزهور الابتدائية بالمنشية قام القاضي بمنع السيدات من التصويت في حين قام بإدخال الرجال ونشبة مشادة من بعض السيدات مما دع القاضي إلى إدخال بعض السيدات لوحظ أن القاضي لا يهتم بغمس أصبع الناخبين في الحبر الفسفوري.
أدى الإقبال الشديد من قبل الناخبين في محافظة المنوفية إلى دمج لجان كل قرية في لجنه واحده بسبب قله عداد القضاه، وفي السويس استخدم الإخوان المسلمين سيارات للنقل الجماعي لنقل الناخبين، والسيارة رقم 2127 أجرة السويس".
وفي 6 اكتوبر مدرسة جيل 2000 تجمهر عدد كبير من الناخبين وهتفوا يسقط يسقط حكم المرشد اثناء وصول سعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب المنحل وذلك اثناء الادلاء بصوته، وفي محافظة بني سويف انتقد محمد بديع المرشد العام لجماعة الإخوان المسلمين من يطالبون القضاة بإبراز هويتهم بعد ادلاؤه بصوته في الاستفتاء قائلا "لا يجوز أن يسأل أحد القاضي إبراز هويته. القضاة أثبتوا ولاءهم للشعب المصري والوطن .
هذا وقد رفض احد القضاة تقديم بطاقة هويته عندما طلبها الناخبين بلجنة23 بمدرسة الزهور الابتدائية المشتركة في الهرم.
فيما رصدت المنظمة العربية للإصلاح الجنائي وجمعية حقوق الانسان لمساعدة السجناء ملتحون ينظمون دخول الناخبين إلى لجنة السلام الابتدائية بكفر الشيخوإقناع الناخبين بالتصويت بنعم علي مرأي ومسمع من قوات الامن، وملتحون يمنعون محررة الوطني من التصويت بلجنة مدرسة جيل 2000 فى 6 أكتوبر.
وشهدت لجان قرية قنبرة بكرداسة قبض قوات الجيش على أحد أعضاء حزب الحرية والعدالة يقوم بتوجيه الناخبين ورصد مراقبو المنظمة تكليف موظفي التربية والتعليم والمدرسين بمتابعة الاستفتاء بمحافظة القليوبية إلا أنهم فوجئوا عند حضورهم لاستلام اللجان، وجدوا موظفين بالمحاكم يحملون خطابات تكليف لنفس اللجان، مما حدا بهم إلى الاعتصام والتجمهر.
وفي محافظة قنا لجنة مدرسة الشيخ مبارك الإعدادية بنات بنجع حمادي بقنا أدى تاخر فتح اللجان إلى قطع الطريق من قبل الناخبين،وشهدت ضواحي محافظة بورسعيد توزيع أقلام مكتوب عليها الحرية والعدالة.