إنشقاق جذرى قد حدث داخل جماعة الإخوان المسلمين عقب قرار د. محمد مرسي، بتعيين رئيس الحكومة السابق، الدكتور كمال الجنزوي، مستشاراً لرئيس الجمهورية، ردود أفعال متباينة داخل صفوف جماعة الإخوان المسلمين، وصلت حدتها لدرجة الانقسام. يذكر ان عدداً من أعضاء مكتب الإرشاد رحبوا بالقرار، مؤكدين أن الرئيس سيستفيد من خبرات الجنزوري، خاصةً في الملف الاقتصادي، بينما رفض البعض الآخر، التراجع عن الموقف السياسي السابق، حيث رفضت الجماعة استمرار رئيس الحكومة السابق في موقعه، وأكدت أنه لا يناسب إدارة دولة بحجم مصر. قال مهدي عاكف، المرشد العام السابق للجماعة : " من حق الرئيس الاستعانة بمن يشاء، فهو رئيس الدولة، ولا تتحدثوا كإعلام في تلك الأمور ". وأضاف عاكف ، " أبلغت مرسي قبل دخول قصر الرئاسة بأن يستعين ب 100 مستشار وليس شخص أو أربعة، فالمسئولية ثقيلة وتتطلب تواجد كافة الخبرات ". من جانبه قال محمود غزلان، عضو مكتب الإرشاد، والمتحدث الرسمي باسم الجماعة، رفض مجرد طرح اسم الجنزوري مستشاراً لرئيس الجمهورية، قائلاً " لست مستريحاً لقرار الدكتور محمد مرسي، وإن كان من حقه الاستعانة بالجنزوري أو غيره، لكنني أرفض القرار ". وبسؤاله حول موقف الجماعة خاصةً أنه سبق وطالبت بسحب الثقة من الحكومة السابقة، وعارضتها بشتى الطرق، قال غزلان : " حتى الآن لا أعرف إذا كنا سنناقش الأمر في اجتماع مكتب الإرشاد أم لا، لكننا استغربنا القرار ". بينما أكد الدكتور محمود حسين، أمين عام الجماعة، عدم ممانعته لتعيين الدكتور كمال الجنزوري، مؤكداً أنه خبرة كبيرة رأى رئيس الجمهورية، أنه سيستفيد منها في المستقبل. وأضاف " حسين في تصريحات خاصة، أنه من حق الرئيس الاستعانة بمن يشاء، خاصةً أنه سيحاسب على إجمالي الآداء، وأن تعيينه مستشاراً للرئيس، من منطلق التكريم . في السياق ذاته، قال الدكتور مصطفى الغنيمي، عضو مكتب الإرشاد : " ليس بالضرورة أن يكون فشل الجنزوري كرئيس لحكومة الإنقاذ الوطني، مبرراً لفشله في وظيفته الجديدة كمستشاراً لرئيس الجمهورية ". واعترف " الغنيمي " بأن الجماعة وحزب الحرية والعدالة، سبق وأن طالبا باستبعاد حكومة الجنزوري، لأن مجمل الآداء كان سيئاً، رغم أن خبرات الجنزوري تؤهله للنجاح، لذا رأى رئيس الجمهورية أن يستفيد من خدماته .