كشفت مصادر مطلعة داخل وزارة الآثار لجريدة مصر الجديدة بالمستندات عن وجود إهدار مال عام وسرقة أيضاً بعملية مساجد رشيد حيث تم الإهدار فى بند 1,20 الخاص بفك وإزالة كافة التجهيزات الصحية بمساجد رشيد فالبند وارد بالمقطوعة فك وإزالة كافة التجهيزات الصحية بمساجد رشيد أى أن المساجد الستة تعتبر عملية واحد اسمها مساجد رشيد. وعلى أساسه وضع المقاول مليون جنيه كسعر لهذا البند الذى هو بالمقطوعة بفك وجميع التجهيزات الصحية لمساجد رشيد ورغم ارتفاع سعر المقاولة ككل إلا أن المقاول لم يكتف عند هذا الحد بل احتسبها خمس مرات بواقع خمسة ملايين جنيه رغم حسابه بالمقطوعة وليس بالعدد بحسب ما أكدته جامعة القاهرة الجهة التى أعدت الدراسة لتلك المشروعات . يذكر أن جامعة القاهرة كانت قد أعدت دراسة لعمل مقايسة ووضعت هذين البندين بالمقطوعة وليس بالعدد وحددت السعر والتقرير المالى للمشروعين : الأول: بند رقم 20,1 الخاص بفك وحدت التجهيز لكافة مساجد رشيد بقيمة "31442" بتكلفة واحد وثلاثون ألف وأربعمائة واثنان وأربعون. الثانى: بندرقم "81116 الخاص بفك وحدات الإضاءة والشبكات للمساجد الستة "رشيد" بقيمة 7861,0 بتكلفة سبعة آلاف وثمانى مائة وواحد وستون جنيها الأمر الذي أدى إلى إهدار تسعة ملايين جنيه . في السياق مختلف كشف المصدر نفسه عن عملية نهب وسرقة الملايين من الجنيهات بقطاع المشروعات بعملية عبد الواحد الفارسى وقصرإسماعيل باشا حيث تم احتساب بند لم يتم تنفيذه فى العملية بقيمة 11,4 مليون جنية خاص بتطوير القاهرة التاريخية تحديدا ًمنزل عبد الواحد الفارسى بالقاهرة التاريخية وقصر إسماعيل باشا حيث أن هذا البند رقم 49 فى مقايسة الأعمال وهو"تدبيس" وتزريد للشروخ.
حيث أن هذا البند لم يتم تنفيذه ولا يوجد منذ طول واحد تم تزويده فى العملية طبقاً لشروط ومواصفات المقايسة حتى الآن ورغم ذلك تم احتساب البند فى المستخلصات رقم 8,7,6 حيث أن سعر المتر الطولى حوالى ستة آلاف جنية ولم يكتفوا بالملايين التى نهبوها من المال العام بل مصرين على سرقة المزيد منها ولذلك طلبوا زيادة هذا البند الذى لم يتم تنفيذه فقد طالبوا به فى العقد التكميلى بكمية 1600 متر طولى بقيمة 9,6 مليون جنية حيث أن البند لم يتم تنفيذه إلا فى تزريد الشروخ فقط وفى الحوائط الحجر التي لم تفك الأمر الذي أدى إلى ضياع الوقت والمال في عمليات مخالفة للبند الأصلي لعملية الترميم الذي لم تم حتى الآن