اقترح بعض العلماء أن متحوّر أوميكرون، الذي حُدد حديثا، ربما يكون تطور في أنواع حيوانية من المحتمل أن تكون قوارض.بحسب مجلة science وتزعم هذه النظرية أنه ربما يكون حيوان ما التقط فيروس SARS-CoV-2، في منتصف عام 2020 تقريبا، وفقا لتقرير STAT. وبعد تراكم العديد من الطفرات في الحيوان، كان الفيروس التاجي المعدل مستعدا للانتقال إلى البشر. ويمكن وصف سلسلة الأحداث هذه بأنها أمراض حيوانية المنشأ عكسية، حيث ينتقل العامل الممرض من الإنسان إلى الحيوان، يليه مرض حيواني المنشأ، حيث تنتقل الجرثومة من الحيوانات إلى البشر. وأحد الأدلة الرئيسية التي تدعم هذه النظرية هو أن أوميكرون تشعّب عن المتحوّرات الأخرى ل SARS-CoV-2 في زمن بعيد جدا، كما قال كريستيان أندرسن، اختصاصي المناعة في معهد سكريبس للأبحاث، ل STAT. ومقارنة بالنظريات الأخرى حول أصل أوميكرون، مثل تطوره لدى شخص يعاني من نقص المناعة أو في مجتمع بشري يعاني من ضعف في المراقبة الفيروسية، "هذا المرض الحيواني العكسي الذي يتبعه مرض حيواني جديد يبدو أكثر احتمالا بالنسبة لي، بالنظر إلى الأدلة المتاحة للفرع العميق حقا. ما يعني أن الانشقاق المبكر عن المتحوّرات الأخرى لفيروس كورونا، ثم الطفرات نفسها، حدث لأن بعضها غير عادي تماما"، كما قال أندرسن. ويحمل أوميكرون سبع طفرات من شأنها أن تسمح للمتحوّر بإصابة القوارض، مثل الفئران والجرذان؛ المتحوّرات الأخرى المثيرة للقلق، مثل ألفا، تحمل فقط بعضا من هذه الطفرات السبع، وفقا لما قاله روبرت غاري، أستاذ علم الأحياء الدقيقة والمناعة في كلية الطب في تولين، ل STAT. (وقال غاري أيضا إنه ما يزال من غير الواضح ما إذا كان أوميكرون ظهر في حيوان أو مضيف بشري). ويحمل أوميكرون عددا كبيرا من الطفرات التي لم تُشاهد في أي إصدارات أخرى من SARS-CoV-2، ويعتبر بعض العلماء هذا دليلا محتملا على أنه ظهر في مضيف حيواني، حسبما أفادت Science. وقال مايك ووروبي، عالم الأحياء التطورية في جامعة أريزونا، ل Science في إشارة إلى جينوم أوميكرون: "إنه أمر مثير للاهتمام، مدى اختلافه بشكل جنوني. إنه يجعلني أتساءل عما إذا كانت الأنواع الأخرى يمكن أن تصاب بالعدوى المزمنة"، ما قد يؤدي إلى ظهور متحوّرات جديدة مع العديد من الطفرات. ولكن في هذه المرحلة، يشتبه ووروبي في أن أوميكرون تطور لدى إنسان يعاني من نقص المناعة، وليس في حيوان. وأفادت Science أن هذه إحدى النظريات الرائدة التي اقترحها خبراء آخرون. وفي هذا السيناريو، قد يصاب الشخص الذي يعاني من نقص المناعة ب "كوفيد-19"، ولكنه يصاب بعدوى مزمنة، لا يستطيع فيها تخليص جسمه من الفيروس؛ ومع استمرارها في التكاثر، التقطت العديد من الطفرات. وتشير الدلائل إلى أن متحوّر ألفا ربما يكون اكتسب طفرات بهذه الطريقة، لكن هذا لم يتأكد بعد بالنسبة لأوميكرون، وفقا لScience.
