أمر المستشار حسن سمير، قاضى التحقيق، بإحالة الرئيس السابق محمد مرسى، ومحمد بديع مرشد جماعة الإخوان، ونائبه محمود عزت، وسعد الكتاتني رئيس مجلس الشعب السابق، ومحمد البلتاجي، وعصام العريان، وسعد الحسيني أعضاء مكتب الإرشاد، و123 متهمًا آخرين من قيادات الجماعة، وأعضاء التنظيم الدولي، وعناصر حركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني إلى محكمة الجنايات. وأسندت المحكمة، في نص الإحالة، حصل مصراوي على نسخة منها، تهم ارتكاب جرائم خطف ضباط الشرطة محمد الجوهري، وشريف المعداوي، ومحمد حسين، وأمين الشرطة وليد سعد واحتجازهم بقطاع غزة. كما أسندت المحكمة اتهامات (حمل الأسلحة الثقيلة لمقاومة النظام المصري وارتكاب أفعال عدائية تؤدي إلى المساس باستقلال البلاد ووحدتها وسلامة أراضيها وقتل والشروع في قتل ضباط، وأفراد الشرطة وإضرام النيران فى مبان حكومية وشرطية وتخريبها واقتحام السجون ونهب محتوياتها من ثروة حيوانية وداجنة والاستيلاء على ما بمخازنها من أسلحة وذخائر وتمكين المسجونين من الهرب). وقالت التحقيقات إن ما يسمى ب"التنظيم الدولى للإخوان" أعد منذ شهر أبريل عام 2013 مخططا وصفته ب"الإرهابي" شاركت في تنفيذه بعض الدول الأجنبية وجماعة الإخوان داخل البلاد وحركة حماس الفلسطينيه وحزب الله اللبناني. وأكملت التحقيقات: "كان الغرض منه هدم الدولة المصرية ومؤسساتها، حتى تقوم جماعة الإخوان بإعادة تقسيمها على أساس ديني ووضع الترتيبات الإقليمية بالمنطقة بصفة عامة وترسيخ نظم جديدة تخدم مصالح تلك الدول الأجنبية خاصةً دولة اسرائيل باقتطاع جزء من الأراضي المصرية بشبه جزيرة سيناء لتوطين الفلسطينيين المقيمين بقطاع غزة". وأضافت التحقيقات: "قام الرئيس السابق محمد مرسي، وقيادات جماعة الإخوان بإجراء العديد من الاتصالات مع أحمد عبد العاطي "عضو التنظيم الدولي للإخوان"، المقيم بدولة تركيا، وحركة حماس الفلسطينية وحزب الله اللبناني وتلك الدول الأجنبية لتنفيذ المخطط الإرهابي من خلال تكوين بؤر تتولى تنفيذ المهام الإرهابية بعد التسلل عبر الأنفاق غير الشرعية بقطاع غزة إلى داخل الأراضي المصرية"، حسبما جاء في نص التحقيقات. وأشار قاضي التحقيق أن جماعة الإخوان استغلت مشاعر الغضب الشعبي أثناء أحداث ثورة يناير 2011، متعاونة مع ما أسمته اتحاد العناصر الأجنبية التي تسللت داخل البلاد، وعناصر أخرى وصفتها بالتكفيرية بسيناء قامت بضرب المنطقة الحدودية الشرقية لقطاع غزة، وحاولت السيطرة على مساحة 60 كيلو مترًا على طول الشريط الحدودي والتعدي على المنشآت الشرطية واقتحام السجون وتهريب كوادر الإخوان وعناصر حركة حماس وحزب الله اللبناني. وأضافت أن ما يزيد على 800 من العناصر الأجنبية المشار إليها عبرت عبر الأنفاق بسيناء إبان ثورة يناير مستخدمين سيارات ذات دفع رباعي مدججة بالأسلحة النارية الثقيلة، ومدافع جرينوف وقذائف "آر. بى . جى" أطلقوها بكثافة على المنشآت الشرطية والحكومية المتاخمة للحدود مع قطاع غزة وقتلوا العديد من ضباط الشرطة، بحسب التحقيقات، مضيفة أنهم انطلقوا وفق تنظيم مسبق في ثلاث مجموعات إلى سجون وادى النطرون وأبو زعبل والمرج وأطلقوا الأعيرة النارية والقذائف صوب مبانيها، مشيرة إلى أنهم تمكنوا من اقتحامها وقتلوا ما يزيد على 50 من أفراد الشرطة والمسجونين، ثم قاموا بتهريب عناصرهم من السجون بالإضافة إلى ما يزيد عن 20 ألف سجيناً جنائياً، وخطفوا 3 ضباط شرطة وأحد أمنائها، ونهبوا وخربوا معدات الشرطة وسياراتها وأسلحتها من مخازن تلك السجون واستولوا على منتجات مصانعها وثروتها الحيوانية والداجنة، مما ترتب على ذلك أضرار تخطت قيمتها مئات الملايين من الجنيهات، بحسب التحقيقات.
