طالب نواب لجنة التعليم العالي فى مجلس الشعب برئاسة الدكتور شعبان عبد العليم ، بدمج جامعة النيل التكنولوجية مع مدينة زويل للعلوم تحت إشراف الدكتور أحمد زويل لتقديم الإفادة العلمية المطلوبة لمصر بعد ثورة يناير، وترك جامعة النيل تعمل حتى يتم استكمال مدينة زويل. جاء ذلك خلال جلسة استماع في اللجنة بحضور وزير التعليم العالي الدكتور حسين خالد حيث وجه خلاله الدكتور إبراهيم بدران رئيس مجلس أمناء جامعة النيل التكنولوجية مناشدة لتحقيق هذا الدمج بين الجامعتين. وطرح النواب في اللجنة تساؤلاتهم حول الجامعة التي شهدت تطورات متلاحقة عقب ثورة يناير منها قرار من أعضاء مجلس أمناء الجامعة في فبراير 2011 بالتنازل نهائيا عن حق الانتفاع للجامعة ، والذي صدر بقرار من وزارة الاتصالات عام 2006، وأن تتولى الجامعة إجراءات توفيق أوضاعها كجامعة أهلية، والتنازل عن التجهيزات والأراضي والمباني الخاصة بالجامعة لصالح وزارة الاتصالات وقبول هذا التنازل. وكان الدكتور بدران قد طالب الحكومة بضرورة اتخاذ الإجراءات اللازمة لضمان استمرارية الجامعة والحفاظ على كيان واسم جامعة النيل ومنظومتها العلمية والبحثية المتميزة كأحد المشروعات القومية. ودعا إلى الحفاظ على جميع كوادر الجامعة التعليمية واستمرار المنهج الأكاديمي بها، مؤكدا على أهمية الحصول على موافقة المجلس الأعلى للجامعات الخاصة الأهلية باستمرار الدراسة خلال العام الجامعي 2011/ 2012. وطالب النواب بالتواصل مع جميع الجهات الحكومية لإعادة مسار الجامعة إلى طريقها الصحيح وتمكين الجامعة من المقر النهائي لها إما داخل مبانيها بمدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا أو بتخصيص مساحة مماثلة في منطقة الجامعات بمدينة الشيخ زايد وتعويض الجامعة عما تم إنفاقه من تبرعات المجتمع المدني في تجهيزات ومعدات بمقر الشيخ زايد. ودعا رئيس مجلس أمناء جامعة النيل إلى إعادة النظر في دعم الجامعة ماليا خلال الثلاث سنوات القادمة وفقا للخطة المقترحة من إدارة والجامعة. وطرح الدكتور بدران عدة مشكلات تواجهها الجامعة منها توقف إجراءات تحويل الجامعة إلى جامعة أهلية وأن الوضع القانوني للجامعة بات مهددا في ظل سحب حق الانتفاع بالأراضي والمباني وتوقف المنح والتبرعات المالية من المجتمع الأهلي بعد تعرض الجامعة لانتقادات إعلامية كبيرة، وصعوبة قبول طلاب جدد لعدم وضوح وضعها المستقبلي. ومن جانبه قال الدكتور حسين خالد وزير التعليم العالي أنه سيكون هناك قانون موحد للتعليم العالي في مصر لحل الكثير من المشكلات، وهناك قضية معروضة أمام القضاء خاصة بأحقية الجامعة في الأرض والمباني وبالتالي فإن أي كلام قد يتعارض مع المعروض أمام القضاء، واتفق مع ضرورة محاسبة ما تم ومجازاة المخطئ، ومصر تحتاج لعشرات المشروعات التي تحدث النهضة العلمية في المرحلة المقبلة، المشكلة الخاصة بالطلاب والباحثين والاقتراح هو الحفاظ على الكيانين والتعاون بينهم وهذا يحقق الدفع القوي لاستمرارية المشروعين.