في الوقت الذي نفى فيه المجلس الأعلى للقوات المسلحة إطلاق الرصاص الحي على المتظاهرين المسيحيين أو دهسهم بالمدرعات، أكد البابا شنودة الثالث بابا الإسكندرية وبطريرك الكرازة المرقسية، أن القتلى في أحداث ماسبيرو سقطوا بالنيران ودهسًا تحت المدرعات، نافيا أن يكون أي من المتظاهرين الذين وصلوا إلى مبنى التليفزيون كان يحمل السلاح. وقال البابا شنودة في أول تعليق له علي المؤتمر الصحفي المجلس العسكري إن الكنيسة تتألم بشدة من أحداث ماسبيرو، وأضاف متوجها للحضور خلال عظته الأسبوعية: "أعزيكم في اسستشهاد أبناءنا الذين قتلوا في ماسبيرو، هؤلاء الأبناء العزل الذين لم يحملوا سلاحًا مطلقًا حسب تعاليم دينهم الذي يمنعهم إطلاقًا من العنف وأيضاً جاءوا من شبرا إلي ماسبيرو مكشوفين ولو كان بحوزتهم سلاح لرآهم الناس". وأضاف: "أولادنا هؤلاء الذين كان عددهم كبيرًا فقيل 24 قتيلا وأكثر من 300 من المصابين وهذا لم يحدث من قبل، وقد نشرت الصحف تقرير الطبيب الشرعي الذي قال إن الثلثين ماتوا بالرصاص، والثلث مات مدهوسًا بالمدرعات". وأشار إلى أن "أولادنا هؤلاء دمائهم ليست رخيصة علينا، وهؤلاء من محبتهم لله ومن محبة الله لهم سمح لهم أن يسبقونا للسماء ولعلهم الآن ينظرون إلينا من فوق ويصلون من أجلنا، ونحن نودعهم جميعاً بصلوات الآباء وبصلواتكم جميعًا" . ورد الحضور بالهتاف: "ارفع راسك فوق إنت قبطي"، "بالروح بالدم نفديك يا صليب" ، "يا نجيب حقهم يا نموت زيهم"، فقاطعهم البابا قائلاً: "نحن نعرف أن الله قد رأي كل شئ، وسيعمل حسب مشيئته الصالحة والطوباوبة". واعتذر البابا عن إجابة الأسئلة وخصص المحاضرة للحديث عن "الأولوية" التي قال إن الإنسان دائما ما يلجأ إلى عدل الله ويعطي له الأولوية. إلى ذلك، أعلنت "هيئة الأقباط العامة" سحب الثقة من الدكتور عصام شرف رئيس مجلس الوزراء علي خلفية أحداث ماسبيرو. وقالت في مؤتمر صحفي صباح الأربعاء بأحد فنادق القاهرة إن ما حدث مأسآة لا يقبلها أي مخلوق. وأصدرت خلال المؤتمر بيانًا تلاه الدكتور شريف دوس رئيس الهيئة جاء في نصه: "في خضم أحداث جماعية ضد المسيحيين الأقباط في كافة أنحاء مصر ، تطالب هيئة الأقباط العامة المجلس العسكري الحاكم بالأتي( التأمين الأمني الجاد علي كل كنائس مصر والمنشآت التابعة لها واستبدال أفراد الدرجة الثانية بأفراد مدربين وحاملين أسلحة حديثة وذلك لمنع الاعتداء علي هذه الأماكن خصوصاً في فترة الانتخابات القادمة ، نطالب المجلس العسكري بتقديم المسئولين عن أحداث ماسبيرو يوم 9 / 10 / 2011 والتي قتل فيها بوحشية غير إنسانية أبرياء عزل تظاهروا سليماً بصحبة النساء والأطفال وبعلم الأمن وموافقته ، نطالب المجلس العسكري بمسائلة ومحاسبة المسئولين عن الإذاعة والتلفزيون والذين أدلوا بتصريحات غير مسئولة بعيدة عن الصحة والواقع ، كادت تؤدي بمصر إلي حرب أهلية وطائفية ، التحقيق ومسائلة محافظ أسوان الذي أدلي بتصريحات أثناء الاعتداء علي كنيسة الماريناب بإدفو يوم 30 / 9 / 2011 والذي ألهب مشاعر وغضب كل أقباط مصر ووضع نفسه في صف الخصوم لا الحكام ، كما نطالب بتحويل الضابط بمباحث إدفو الذي دعا المواطنين إلي العنف لهدم الكنيسة ، نطالب المجلس بسرعة تقديم الجناة في كل حوادث التعدي علي الكنائس خلال العام الماضي إلي محاكمة عادلة لوقف هذا النزيف". وأكد نجيب ساويرس رجل الأعمال في كلمته أن "الأمن لم يتصرف بهذه الطريقة مع مظاهرات سابقة"، مشددًا على ضرورة سرعة إقرار قانوني "دور العبادة الموحد والتمييز"، معلقًا بسخرية: "إحنا بنينا الهرم مش عارفين نطلع قانونين". في حين طالب نجيب جبرائيل المحامي ورئيس منظمة الاتحاد المصري لحقوق الإنسان يجب تشكيل لجنة من 7 من رؤساء منظمات حقوق الإنسان يتم اختيارهم بواسطة أقدم ثلاثة رؤساء أحزاب في مصر علي أن تصدر "قرارات" لا توصيات، إضافة إلي ضمانات لتفعيل قانون دور العبادة الموحد. وتابع: فنحن نحتاج إلى "عربون" من مجلس الوزراء بفتح الكنائس المغلقة قبل إقرار القانون. من جهته، أكد مايكل منير وكيل مؤسسى حزب "الحياة" أن الأقباط يطالبون بإقالة حكومة شرف "لعدم ثقتنا فيها لأنه وعدنا منذ خمسة أشهر بإقرار قانون دور العبادة الموحد ولم يف بوعده، كما أن لجنة العدالة الوطنية لم تقم بالدور المطلوب منها". في السياق ذاته، كشف مصدر بالمكبت البابوي أن الدكتور عصام شرف رئيس مجلس الوزراء طلب لقاء البابا فى التاسعة صباح الاربعاء، بيد أنه اعتذر عن اللقاء بدون إبداء أسباب . من جهة أخرة أوفد البابا شنودة، سكرتيره الأنبا يؤانس لزيارة مصابي أحداث ماسبيرو من الأقباط الذين يتلقون العلاج بالمستشفى القبطي للاطمئنان على حالتهم الصحية ودعا لهم بسرعة الشفاء واستمع لروايتهم بخصوص ما حدث في ماسبيرو وتقدم لهم ببعض الهدايا من البابا لهم. إلى ذلك، استقبل البابا شنودة صباح أمس على عثمان طه النائب الاول للرئيس السوداني الذي حضره لتقديم واجب العزاء نيابة عن الشعب السوداني في ضحايا أحداث ماسبيرو. وأكد خلال الزيارة دعم الشعب السوداني للثورة المصرية، وللشعب المصري للنهوض ببلده،وأضاف أن البابا شنودة طمأنه على وحدة الشعب المصري، وأن كل بلد معرض للتعرض لأزمة لكن سرعان ما يتدراكها الشعب سريعاً. كما استقبل البابا الدكتور عمرو الشلقانى رئيس نادى هئية تدريس جامعة عين شمس والدكتور أشرف رمزي والدكتور هاني فؤاد أعضاء النادي لتقديم التعازى أيضاً. وقال الشلقانى: إن الذين ماتوا في أحداث ماسبيرو ليسوا شهداء الكنيسة، بل هم شهداء الوطن ونعزى أنفسنا على هذه المأساة التى وقعت ضد شباب مصر، مضيفاً أنه ثمن غالي ندفعه لهذه الثورة التي نأمل باستمرارها رغم كل محاولات الإنقضاض عليها. وطالب الشلقانى بتطبيق العدالة ومعاقباة الجناة الذين تسببوا في الأحداث ومحاسبة الإعلام الحكومي الذي كاد ان يتسبب في حرب أهلية بين المواطنين المصريين . كما تلقي البابا اتصالاً من الدكتور يحيى الجمل نائب رئيس الوزراء السابق لتعزيته . ،وابدى اسفه لوقوع الضحايا وطالب بتحقيق العدالة .
