تحاصر مياه الصرف الصحى والصناعى الإسماعيلية بصورة يصعب الفكاك منها وتصب هذه الكميات الكبيرة من المياه فى ترعة الإسماعيلية والتى يشرب منها ملايين المواطنين فى محافظات القناة بداية من بورسعيد شمالا وحتى السويسجنوبا مرورا بالإسماعيلية مسببة أكثر من كارثة. الأولى تبدأ من بحيرات الأكسدة بمنطقة العاشر من رمضان المتاخمة لمحافظة الإسماعيلية، حيث إن منطقة العاشر من رمضان أعلى فى منسوب الأرض بحسب طبيعة أراضى المنطقة الجبلية فتبدأ عملية التسرب وخاصة من بحيرات الأكسدة المشهورة فى العاشر، وهى ناتج صرف المصانع والذى يتضمن العديد من المعادن الثقيلة هذه الكميات من المياه تصب بشكل مباشر فى ترعة الإسماعيلية. وقد ناقش المجلس المحلى الشعبى لمحافظة الإسماعيلية فى دورته السابقة 2010 وقبل قرار حله بشهور قليلة هذه القضية وتم اتخاذ توصية برفع الموضوع إلى رئاسة الوزراء لحل المشكلة من منبعها بالتعاون مع جهاز مدينة العاشر من رمضان. الخطر الثانى هو الصرف الزراعى والذى يصب بشكل مباشر فى ترعة الإسماعيلية أيضا ومنها مصرف صيام بمنطقة التل الكبير ومصرف أبو عاشور ومصرف بحيرة الصيادين ومصرف البهتينى وغيرها من المصارف التى تحمل المياه الزائدة عن حاجة النبات لتلقيها فى ترعة الإسماعيلية دون معالجة وأيضا هناك العديد من الدراسات البيئية فى إدارة البيئة بمحافظة الإسماعيلية حول كيفية الاستفادة من مياه الصرف الزراعى ومنها دراسة لإنشاء حديقة أخشاب قرية سرابيوم التابعة لمدينة فايد جنوبالإسماعيلية تروى بمياه الصرف الزراعى للاستفادة منه فى رى هذه الأشجار الخشبية والاستفادة منها فى صناعة الأثاث وخلافه. وتبقى بحيرة التمساح والبحيرات المرة بالإسماعيلية، حيث أكدت دراسة بيئية حديثة على خطورة مياه الصرف الصحى التى يتم إلقاؤها فى بحيرة التمساح وهى من أهم البحيرات الموجودة بالمجرى الملاحى لقناة السويس وتقع على شاطئها العديد من البلاجات والنوادى التى يرتادها العديد من زوار المحافظة فالبحيرات المرة الموجودة بمدينة فايد وممتدة حتى محافظة السويس أيضا لا تخلو من التلوث بالإضافة إلى التلوث الصناعى، حيث تقوم معظم المصانع الموجودة بالإسماعيلية وخاصة المنطقة الصناعية بإلقاء بقايا المواد الكيماوية من معادن ثقيلة وخفيفة فى بحيرة التمساح وهى عبارة عن حوض طبيعى مساحته حوالى 1900 فدان بمتوسط عمق 10 أمتار وتحوى ما يقرب من 90 مليون متر مكعب من المياه المالحة، وتتصل بمسطحين مائيين، هما البركة الغربية) الصيادين)" والمجرى الملاحى لقناة السويس، ويبلغ حجم إنتاج مصايد الإسماعيلية 1118 طنا سنويا، ويدخل البحيرة حسب ما أكدته الدراسة حوالى 2 مليون م3/ يوميا من مياه الصرف عن طريق مصرف المحسمة، ويتم خلطها بمياه البحيرة قبل تسربها شمالا وجنوبا عن طريق المجرى الملاحى لقناة السويس. أما بركة الصيادين فهى أصغر وأقل عمقا من بحيرة التمساح وتغطيها أنواع مختلفة من النباتات تنمو فى كتل متماسكة فى اتجاه محدد، وتقل ملوحة المياه داخل البركة الغربية كثيرا عن بحيرة التمساح وهى أحد أسباب التلوث، وقد تم تنفيذ العديد من المشروعات لمنع التلوث المباشر على البحيرة الذى أدى لوجود طبقة من الرواسب بطول شواطئها وقاعها، وبدأت أعمال التكريك والتطهير فى مارس عام 2000، واستمرت لمدة عامين بتكلفة قدرها 50 مليون جنيه تحملتها هيئة قناة السويس، لكن مازالت المشكلة قائمة حتى الآن. أما البحيرات المرة والتى تمتد شواطئها لمسافة 50 كيلو مترا من الدفرسوار إلى كبريت فى نطاق مركز ومدينة فايد بالإسماعيلية، وتعد الركيزة الأساسية للتنمية السياحية وهى مصدر مهم للثروة السمكية، إلا أن التلوث طالها نتيجة الصرف الزراعى الذى يأتى إليها عن طريق مصرف الملاريا الملىء بمياه الصرف غير المعالجة والناتجة عن التجمعات السكنية التى تستخدم هذا المصرف فى إلقاء مخلفاتها نظرا لعدم وجود شبكات للصرف الصحى.
