انتقد بشير الكبتي المراقب العام لجماعة الإخوان المسلمين في ليبيا اختيارات رئيس الوزراء علي زيدان للمناصب القيادية وغض الطرف عن وجود رجال النظام السابق في قطاعات الدولة . قال الكبتي انه لا يوجد خلاف أو اعتراض من قبل الجماعة علي شخص رئيس الوزراء الليبي الإ فيما يتعلق باعتماده سياسة الولاءات في اختياراته للقيادات والمناصب العامة وغض الطرف عن وجود رجال العهد السابق.. واضاف أن علي زيدان دخل الوزارة علي أساس كونه شخصية مستقلة وبدون أي انتماء حزبي ولذا تم التوافق حوله ولكننا كنا نعلم أنه علي توافق مع تحالف القوي الوطنية بقيادة محمود جبريل موضحا أن ذلك يظهر في اختياراته لمن عينهم في بعض المواقع القيادية حيث جاء عدد منهم من التحالف علي حساب التيار الإسلامي. ورغم ذلك اعترف الكيتي بأن زيدان لم يستبعد أحدا من التيار الإسلامي في اختياراته الأخيرة لاستكمال تشكيله الوزاري وأوضح أن هناك اتفاق علي أن يتولي مستقلون حقائب الوزارات السيادية ووزعت باقي الحقائب علي باقي الكتل والأحزاب. كان مجلس شوري جماعة الإخوان المسلمين بليبيا قد أصدر مؤخرا بيانا انتقد فيه رئيس الوزراء الانتقالي علي زيدان وطالبه بالابتعاد عما وصفه بأسلوب الإقصاء والاستبعاد للتيار الإسلامي من المساهمة في بناء الدولة وتأدية الواجب الوطني في إدارة المرحلة الانتقالية.