بسبب الطلب الذي تقدّم به مخرج مسلسل محمد علي لتأجيل التصوير عاما كاملا، على الرغم من أنه قد تم الإعلان عن الاستعداد لتقديمه في موسم العرض الرمضاني 2011، قررت الشركة المنتجة للعمل الاستعانة بمخرج جديد لتولي مسئولية إخراج المسلسل. والمفاجأة أن هذا المخرج هو شادي يحيى الفخراني، وهو ابن الفنان الكبير يحيي الفخراني وكاتبة سيناريو المسلسل الدكتورة لميس جابر. وأرجعت الشركة السبب في اختيار شادي، إلى أنه متواجد منذ البداية ضمن فريق عمل المسلسل، حيث إنه المخرج المنفذ، وكان من الأفضل لصناع العمل الاستعانة بمن يدرك جميع التفاصيل، بدلا من الانتظار لمدة عام، أو الاستعانة بمخرج آخر لا يعلم شيئا عن العمل. جدير بالذكر أن مسلسل "محمد علي" يتعرض لفترة هامة من تاريخ مصر، هي فترة تولي محمد علي، باني مصر الحديثة، مقاليد الأمور، والطفرة الكبيرة التي أحدثها في مصر، والصراعات التي خاض غمارها، وقد تم ترشيح عدد كبير من النجوم لمشاركة يحيي الفخراني في البطولة، منهم الفنان السوري جمال سليمان وصابرين ومصطفى شعبان وخالد زكي وهشام سليم.