أدانت جبهة استقلال القضاء لرفض الانقلاب استمرار التحقيقات غير القانونية مع الرئيس الشرعي المختطف الدكتور محمد مرسي، ودون حضور لمحاميه أو ظهوره، وسط مخاوف من تعرضه لمكروه. وشددت الجبهة، في بيان لها، علي أنه إذا كانت هناك ثمة اتهامات حقيقة للرئيس الشرعي يجب أن تكون من خلال نصوص دستور 2012، والتي تقضي بضرورة موافقة ثلثي أعضاء مجلس النواب، وكذلك من خلال محكمة خاصة. واستنكرت توجيه اتهام جديد مرسل بإهانة القضاء للرئيس المختطف تحت ذريعة اتهامه لعدد من القضاة بمخالفة القانون في احدي خطاباته، متسائلة: كيف يتم عدم التحقيق في البلاغ الذي قدمه الرئيس ، والتحقيق معه في بلاغه هو كمتهم وترك المتهمين دون محاسبة؟!، وكأن البلاغ حقق وانتهي في حقيقة مادية، ما يعد اخلالا جسيما باستقلال القضاء. وأشارت الجبهة الي ان الرئيس محمد مرسي ، كان دعا الي مؤتمر عدالة ثان للحفاظ علي استقلال القضاء واقرار مطالب اعضائه، ولعب دورا حكيما اثناء تصعيد بعض القضاة المدافعين عن نظام مبارك لمعركة كلامية مع مجلسي الشعب والشوري ، وتحمل كثيرا من التصعيد السياسي المعارض جراء البطء في العدالة تجاه رموز مبارك القتلة ، وحرصه علي عدم التدخل في القضاء ، واي ملاحظات سياسية علي موقفه من القضاء تدخل في اطار العمل السياسي ولا صلة للقضاء بها طالما لا يوجد مرفق معها اي قرائن مادية . كما أشارت الجبهة الي ان النظام القضائي انهار بالكامل بعد انقلاب 3 يوليو الارهابي، وارتكب الكثير من الجرائم ، التي لم يحاسب عليها حتي الان ، ولم يتم تحريك اي بلاغ ضد قادة الانقلاب بينما هناك موجة من الملاحقات غير القانونية لقيادات معارضة الانقلاب واعضاء القضاء الواقف والجالس المؤيدين للشرعية ، وهو ما يجدد حقيقة الغاء السلطة القضائية واقعيا ، وغياب استقلال القضاء تماما واستخدام القضاء كستار لجرائم الانقلاب المنافية للقانون واستقلال القضاء والمواثيق الدولية.
