حذرت الجماعة الإسلامية من خطورة المرحلة الحالية والعدالة الانتقالية المزعومة، فالعدالة في خطر شديد، ففي أقل من 48 ساعة صدرت ثلاثة أحكام قضائية تهدد السلم العام وتهدر العدالة وتغتال الحرية, أولها كانت تحويل الرئيس الشرعي للبلاد إلى المحاكمة الجنائية بتهمة قتل المتظاهرين أمام الاتحادية الذين كانوا أساسا من الإخوان المسلمين، بينما كان القصر الرئاسي يتعرض لهجوم, وهذه التهمة التي لفقوها للرئيس الشرعي للبلاد كان ينبغي أن يحاكم بمثلها قتلة المتظاهرين أمام الحرس الجمهوري وفي المنصة ورابعة والنهضة. وأضافت- في بيان له- :"ثاني هذه الأحكام كانت محاكمة مدنيين أمام محاكم عسكرية، وصدور أحكام مشددة على معارضي الانقلاب العسكري الدموي بتهم يعلم الجميع أنها ملفقة، وذلك من أجل كسر إرادة معارضي الانقلاب، ثم ثالث هذه الأحكام هو حكم القضاء الاداري بإغلاق قناة الجزيرة واليرموك وأحرار 25 بما يهدد حرية الإعلام، وحرمان المصريين من حق تلقي المعلومات من كافة المصادر ولكن هذا الانقلاب لا يستطيع تحمل أي صوت يكشف حقيقته". وأكدت الجماعة الإسلامية أن هذه العدالة الانتقائية التي يمارسها قادة الانقلاب العسكري تنذر بخطر شديد على مستقبل مصر واستقراره.