حذرت الجماعة الإسلامية من خطورة المرحلة الحالية والعدالة الانتقالية المزعومة التي يدعيها ويتشدق بها الإنقلابيون مؤكدة أن ما تقوم به سلطة الانقلاب الدموي يهدد السلم والأمن العام للبلاد. وقالت الجماعة - في بيان لها- إن العدالة الانتقالية في خطر شديد ففي أقل من 48 ساعة صدرت ثلاثة أحكام قضائية تهدد السلم العام وتهدر العدالة وتغتال الحرية, أولها كان تحويل الرئيس الشرعي للبلاد إلى المحاكمة الجنائية بتهمة قتل المتظاهرين أمام الاتحادية الذين كانوا أساساً من الاخوان المسلمين بينما كان القصر الرئاسي يتعرض لهجوم, فهذه التهمة التي لفقوها للرئيس الشرعي للبلاد كان ينبغي أن يحاكم بمثلها قتلة المتظاهرين أمام الحرس الجمهوري وفي المنصة ورابعة والنهضة. وأضاف البيان : أما ثاني هذه الأحكام فكان محاكمة مدنيين أمام محاكم عسكرية وصدور أحكام مشددة على معارضي الانقلاب العسكري الدموي بتهم يعلم الجميع أنها ملفقة وذلك من أجل كسر إرادة معارضي الانقلاب. وتابعت الجماعة الإسلامية في بيانها : أن ثالث هذه الأحكام هو حكم القضاء الاداري باغلاق قناة الجزيرة واليرموك وأحرار 25 بما يهدد حرية الإعلام وحرمان المصريين من حق تلقي المعلومات من كافة المصادر ولكن هذا الانقلاب لا يستطيع تحمل أي صوت يكشف حقيقته.