في الربع الأول من عام 2018 رصدت منظمة "كوميتي فور جستس" 275 انتهاكا داخل مقار التعذيب التي تديرها سلطات الانقلاب، منها 147 حالة انتهاك في يناير 2018، و128 انتهاكا في فبراير الماضي، لافتة إلى رصد 190 حالة اختفاء قسري، فضلا عن 13 حالة اختفاء قسري من أماكن الاحتجاز. وأكدت في تقريرها الأول عن مراقبة مراكز الاحتجاز في مصر، أن "التعذيب هو ثاني أكثر الانتهاكات التي تم رصدها بواقع 26 حالة تم الإبلاغ عنها، والإهمال الطبي 14 حالة، و9 حالات وفاة في الحجز، وسبع حالات قتل خارج نطاق القانون". يقول الناشط شريف أيمن:" بيقعد 24 ساعة انفرادي ممنوع حتى من التريّض وممنوع من العيادة داخل السجن والسكر ارتفع بدرجة كبيرة وأثر على الأعصاب، وبيتم رفض طلب عمل فحوصات والعرض على طبيب أعصاب وبيتم منعه من صلاة الجمعة وحتى سماع الخطبة، واترفض طلب استعارته كتابا لتفسير القرآن وهو معزول عن كل شيء في الدنيا". انتهاك مستمر للحريات وأوضحت "كوميتي فور جستس" أن "محافظة البحيرة هي الأعلى في رصد حالات الاختفاء القسري بواقع 16 حالة في يناير الماضي، ثم محافظة الشرقية بواقع 10 حالات اختفاء قسري، وتليها محافظة الدقهلية بواقع 9 حالات ثم القاهرة بواقع 7 حالات". فيما يقول الناشط الحقوقي يوسف بن تاشفين: "جرائم مركبة تنتهك كل الحقوق التي يكفلها الدستور المعطل فعليا، من المهم رصد الانتهاكات في حق المساجين والمسئولين عنها وذكر أسمائهم، فهذا وحده سيمثل قلقا وخوفا لديهم، وربما قد يردع بعضهم، ففي يوم ما ولعله يكون قريبا سيحاكم هؤلاء". وتقول الناشطة جيهان المنشاوي: "الحكاية مش إخوان الحكاية شعب اتهان.. الحكاية عسكر خان من مسيرات بعد فض رابعة 2013". وتحت عنوان "هناك متسع للجميع" رصد تقرير الشبكة العربية لمعلومات حقوق الإنسان أعداد السجون قبل ثورة 25 يناير وبعدها، توصلت من خلاله إلى أن أماكن الاحتجاز القانونية تجاوزت 504 مقرات، كان من بينها 43 سجنا قبل ثورة 25 يناير، و122 سجنا مركزيا و320 قسما ومركزا، مشيرة إلى أن عصابة العسكر أنشأت 19 سجنا جديدا عقب انقلاب 30 يونيو. ولم ترصد أي تقارير رسمية أعداد المعتقلين داخل تلك السجون، سوى بعض التصريحات حول تضاعف أعدادهم، وضرورة بناء سجون جديدة، إلا أن العديد من التقارير التي رصدت أعداد المقبوض عليهم توقفت بالرصد حتى منتصف 2014، حيث رصدت مبادرة "ويكي ثورة" ارتفاع عدد السجناء إلى 60 ألفا خلال تلك الفترة. وفي نهاية مايو 2015 رصد الفريق العامل المعني بالاعتقال التعسفي بالأمم المتحدة تعرض أكثر من 3200 طفل مصري تحت سن ال18 للضرب والتعذيب المبرح في مناطق الاحتجاز التي تديرها عصابة الانقلاب. وأثار فيلم وثائقي نشرته شبكة "بي بي سي" البريطانية في 25 فبراير 2018، عن حملة الاعتقالات الجماعية، وعمليات الإخفاء القسري، ووقائع التعذيب، واغتصاب الفتيات، داخل سجون عصابة الانقلاب، غضب السفيه عبد الفتاح السيسي، بحسب ما يبدو، إذ كلَّف الهيئة العامة للاستعلامات، بوصف الشهادات الموثقة في التقرير المُذاع بأنها مجرد "أكاذيب وادعاءات". سحق المعارضة وتحت عنوان "سحق المعارضة في مصر"، وثّقت الصحفية البريطانية، أورلا غويرين، العديد من شهادات أسر المعتقلين، والمختفين قسريا، والشباب الذين تعرضوا للتعذيب بواسطة أجهزة الأمن، ومن بينهم محمود حسين (معتقل التيشيرت)، الذي أكد "صعقه في مناطق حساسة من جسده، وخضوعه لعمليات جراحية عدة بعد خروجه من السجن، من جراء ما تعرض له من تعذيب". وتضمّن وثائقي "بي بي سي" شهادة لوالدة الشابة زبيدة، التي اعتقلتها سلطات الانقلاب في عام 2014، ومكثت في السجن سبعة أشهر من دون محاكمة، تورّم خلالها جسدها من كثرة الضرب، والتعذيب، والصعق بالكهرباء، مؤكدةً أن ابنتها أخبرتها بتعرّضها للاغتصاب أثناء احتجازها لدى الشرطة، في حين جرى إخفاؤها قسريا مجددا منذ عشرة أشهر. وفيما سمّاه "أرشيف القهر"، وثق تقرير أصدره مركز النديم لتأهيل ضحايا العنف والتعذيب ما وصفها بجرائم أمنية وانتهاكات لحقوق الإنسان وقعت خلال عامين من انقلاب السفيه السيسي، وعدد التقرير المئات من حالات القتل والوفاة في أماكن الاحتجاز، بالإضافة إلى حالات تعذيب فردي وجماعي، فضلا عن حالات الإهمال الطبي في أماكن الاعتقال. من جهتها اتهمت المنظمة العربية لحقوق الإنسان في بريطانيا سلطات الانقلاب وأجهزتها الأمنية بانتهاج عملية تصفية جسدية خارج إطار القانون بحق مواطنين مصريين، وتعاونها في ذلك الأجهزة القضائية التي ترسخ سياسة الإفلات من العقاب.