استنكرت مدينة زويل للعلوم والتكنولوجيا قيام طلاب جامعة النيل بقيادة مجموعة من أعضاء هيئة التدريس بمحاصرة الباب الرئيسي للمدينة وإغلاقه بالجنازير الأمر الذي حال دون خروج العاملين بالمدينة من علماء وباحثين. وقال بيان صادر عن المدينة: "لم نكن طرفا في أزمة جامعة النيل الخاصة وأن الأراضي والمباني التي خصصت لمدينة زويل باعتبارها مشروعا قوميا هي مملوكة للدولة، وأكد المسئولون أن الحكومة هي التي تتولى تخصيص أراضيها ومبانيها للصالح العام طبقا لرؤيتها، خاصة أن هذه الأرض هي ذاتها التي خصصت لمدينة زويل عام 2001 قبل تعثر المشروع آنذاك لأسباب سياسية. وتابع البيان، أن مجلس أمناء مدينة زويل الذي يضم خيرة علماء مصر (أحمد زويل، محمد غنيم، مجدي يعقوب، مصطفى السيد، أحمد عكاشة، محمد أبوالغار،.. وغيرهم) لن يمتنع عن تلبية نداء الوطن لإعادة إحياء المشروع الذي ينتظر منه المصريون خيرا كثيرا ". وقالت الجامعة: إنها طلبت من جامعة النيل أن تتعامل مع الحكومة بشأن حكم الإدارية العليا الذي أوقف تنفيذ قرار تنازل النيل عن الأرض وتخصيصها لمدينة زويل حتى يمكن الوصول إلى حل مرض وقانوني، خاصة أن مدينة زويل لديها قرار من المحام العام الأول ومحكمة الشيخ زايد باستمرار التمكين من الأرض وحيازتها ومنع التعرض لها من قبل جامعة النيل، وقد عرضت مدينة زويل أكثر مرة مجموعة حلولا إضافة إلى طرح الحكومة من أجل الحفاظ على مستقبل 88 طالبا في جامعة النيل إلا أن كل الحلول قوبلت بالرفض. وشددت مدينة وزيل على أن الأمر برمته في يد مؤسسات الدولة المصرية بعد أن اكتسبت موقفا قانونيا مستقرا، ووصل عدد باحثيها والعاملين بها إلى 200 شخص منهم نخبة عادوا من كبريات الجامعات العالمية، وصدر القانون المنظم لها 161 لسنة 2012 وأنفق على المشروع وأجهزته المتطورة ما يزيد عن 300 مليون جنيه حتى الآن، وأن تعويق المشروع أو تعطيل مسيرته الناجحة من شأنه أن يعود بنا إلى المربع الأول. وقالت المدينة، إنها على ثقة تامة من أن الحكومة المصرية سوف تنفذ تعهداتها بشأن دعم المشروع كما أننا لن نألوا جهدا للمضي قدما في حل أزمة جامعة النيل قدر ما نستطيع وحسب.