شهدت انتخابات اتحاد طلاب مصر والمكتب التنفيذي تنافسًا كبيرًا بين طلاب الإخوان المسلمين والطلاب المستقلين وبعض طلاب الاتحاد القديم، البداية كانت بتوعد بعض الطلاب المستقلين بتفجير مفاجأة داخل قاعة الانتخابات تتضمن فيديو لأداء اللجنة المشرفة على الانتخابات في الاجتماع الذي تم منذ أسبوعين للاتفاق حول آلية انتخاب اتحاد طلاب مصر. ومع بداية الجلسة هاجم رئيس اتحاد كفر الشيخ أداء اللجنة المشرفة على الانتخابات من قبل الوزارة، ما أحدث جدلاً وبلبلة كادت أن تؤدي لتأجيل الانتخابات إلا أن اللجنة المشرفة سيطرت على الأمور، وقالت للطلاب: نحن بمعرض تصويت وليس نقاش، فتم بعد ذلك التصويت حول آلية إجراء الانتخابات، والذي امتد ما يقرب من الساعتين، وتم الاتفاق على آلية أن تتم الانتخابات بالأكثرية ما أوقع معسكر الطلاب المستقلين في حيرة كبيرة لتخوفهم من فوز الإخوان إذ تبلغ كتلتهم التصويتية فقط 22 صوتًا من إجمالي 47 صوتًا. وبعد رفع الجلسة للاستراحة تجمع الطلاب المستقلون للاتفاق حول مرشح ينافسون به طلاب الإخوان، وشهد ذلك جدلا كبيرا بينهم أخذ وقت الاستراحة كاملا لعدم اتفاقهم حول محمد مصطفى بدران؛ حيث إنه كان رئيس اتحاد قبل الثورة ومحسوب على معسكر الفلول، إلا إنهم اتفقوا في النهاية عليه، بينما طلاب الإخوان التزموا الهدوء لاتفاقهم من بداية الأمر حول دعم محمد مصطفى منير. وبعد الاستراحة تم فتح باب الترشح لرئاسة الاتحاد فلم يترشح سوى اثنين، وفى النهاية فاز المرشح محمد مصطفى بدران، رئيس اتحاد طلاب جامعة بنها، برئاسة اتحاد طلاب مصر، بعد حصوله على 24 صوتًا، مقابل 22 صوتًا لمرشح الإخوان، الطالب محمد مصطفى منير، رئيس اتحاد طلاب المنصورة، بعد حصوله على 22 صوتًا، بالإضافة لصوت باطل من إجمالي عدد الأصوات من 49 صوتًا. وبعد ذلك تم فتح باب الترشح لانتخاب نائب الرئيس؛ حيث فاز الطالب أحمد البقري مرشح طلاب الإخوان المسلمين بمنصب نائب رئيس اتحاد طلاب مصر، بعد حصوله على 24 صوتا مقابل 21 صوتا للطالب محمد سعد سعران، المستقل مرشح القوى السياسية، وصوتين فقط للطالب أحمد أبو سيار، وذلك من إجمالي عدد أصوات 47 صوتًا. وكان الطالب رئيس اتحاد طلاب بنها عرض برنامجه الانتخابي لرئاسة اتحاد طلاب مصر، ولاقى "بدران" هجومًا شديدًا من أحد الطلاب، قائلاً: "هل يتخيل بدران أن يتم انتخابه رئيسا لاتحاد طلاب مصر؟ وهو الذى كان عضوا بأمانة الحزب الوطنى المنحل، بالإضافة أنه كان رئيس اتحاد للجامعة قبل الثورة والذى جاء بالتزوير. ورد بدران قائلا: إنه رأس اتحاد الجامعة شهرين فقط قبل الثورة، كما أنه لم ينتم للحزب الوطنى، وله الشرف الكامل حتى لو خسر هذه الانتخابات، وأن يكون مثل حمدين صباحى والبرداعى والقيادات الثورية فى مصر. كما عرض الطالب محمد مصطفى منير، رئيس اتحاد المنصورة، مرشح طلاب الإخوان المسلمين، وقال على الرغم من انتمائي لطلاب الإخوان، إلا أن هذا لم يؤثر بأى حال من الأحوال على نشاطى، وسوف أكون محايدًا، مضيفًا: سوف أركز على أربع جوانب رئيسية وهى الجانب الخدمى والتعليمى والمجتمعى، ودور الاتحاد على المستوى الإقليمى والدولى. وهاجمه رئيس اتحاد عين شمس كريم بلال وهو من الاتحاد القديم وانتقده بشده محاولا تشويه. وشهدت انتخابات المجلس التنفيذي تنافسًا كبيرًا حتى اللحظات الأخيرة؛ حيث دفع طلاب الإخوان بسبعة مرشحين فاز منهم خمسة، بينما الطالبين الآخرين مستقلين.
