رفض د. عاطف البنا، أستاذ القانون الدستوري وعضو الجمعية التأسيسية للدستور، فكرة دمج جميع الأجهزة الرقابية في جهاز واحد، مشيرا إلي أنه لا يتصور أن تكون هيئة واحدة تتولي كل أمور الفساد. وأضاف، خلال ورشة عمل "الهيئات الرقابية فى الدستور الجديد" التي نظمتها المنظمة المصرية لحقوق الانسان، أنه يجب التنسيق بين العديد من الأجهزة الرقابية الموجودة في مصر. وأكد أنه طالب التأسيسية بتعديل اسم هيئة الرقابة الإدارية إلي المفوضية الوطنية لمكافحة الفساد، وذلك مع وجود هيئات رقابية أخرى منفصلة، على أن تكون المفوضية مستقلة ومنتخبة وليست معينة. وطالب الدكتور ثروت بدوي، الفقيه الدستوري، بإدراج نص بالدستور الجديد لإنشاء مفوضية وطنية للانتخابات، لتقوم بإجراء العملية الانتخابية من إعداد الكشوف للناخبين إلي التصويت في صناديق الاقتراع، وقال: إن أكبر كارثة اتبعها الرئيس الراحل أنور السادات هي الإشراف القضائي علي الانتخابات حيث أدخل رجال القضاء في مستنقع الفساد الذين يتحكم فيه البلطجية و رجال الحزب الحاكم و المال. وأشار إلي أن القاضي الذي يشترك في العملية الانتخابية يفقد استقلاله ويفقد انتماءه للقضاء ويستحيل عليه ممارسة عمله كقاض، لأنه أصبح غير مستقل، ونحن في حاجة إلي جهاز مستقل عن القضاء. وحتى تكون هذة الهيئة مستقلة يجب أن تتمتع بنوعين من الاستقلال هما الاستقلال العضوي بمعني أن يكون هذا الجهاز هو الذي يتولى شئون أعضائه و الاستقلال الموضوعي بحيث يكون هذا الجهاز مستقلاً في ممارسة أعماله ولا يتدخل أحد في شئونه. من جانبه، قال حمدي عبد العظيم، أستاذ الاقتصاد والرئيس السابق لأكاديمية السادات: إن مصر ملتزمة بوجود المفوضية الوطنية لمكافحة الفساد وفقا لما هو وارد في معاهدات الأممالمتحدة لمكافحة الفساد، ما يؤكد ضرورة وجود أجهزة رقابية لمكافحة الفساد سواء هيئة كانت هيئة واحدة أو عدة هيئات مختلفة، مضيفا أن هناك رأيا يطالب بإنشاء هيئات رقابية مختلفة كما هو متبع الآن بحيث يكون كل جهاز رقابي يعمل بشكل مستقل، وأن يكون له سياسته الخاصة. وأعرب عبد العظيم عن رفضه هذا الرأي قائلا: إنه من الأفضل في المرحلة الحالية إنشاء هيئة رقابية واحدة تضم هيئات مختلفة بحيث يكون هناك تنسيق كامل بين الهيئات المختلفة و تكون تحت إدارة واحدة. وأشار إلى أن الأجهزة الرقابية كانت تتعرض فى الفترة الماضية إلي الضغط في حال الكشف عن قضية فساد هامة، مشددا على ضرورة استقلال مفوضية مكافحة الفساد حتي لا يستطيع أحد، وإن كان رئيس الجمهورية، السيطرة عليها.
