تطبيقًا لقرار حكومة الانقلاب بإغلاق الجمعيات الخيرية والسطو على أموالها المخصصة لدعم الفقراء والأيتام وعلاج المرضى، قامت قوات أمن الانقلاب بإغلاق 19 جمعية خيرية بالأقصر، وهي: جمعية عبد الله بن مسعود الخيرية الإسلامية، وجمعية الزهور الخيرية الإسلامية، وجمعية الفاروق الخيرية الإسلامية، والجمعية الخيرية الإسلامية بالقرنة، وجمعية مصعب بن عمير الخيرية الإسلامية، وجمعية فجر الإسلام الخيرية الإسلامية، وجمعية الهدايا الخيرية الإسلامية فى البياضية. وفي مدينة إسنا جنوبالأقصر تم إغلاق كل من جمعية التنمية وخدمة البيئة، وجمعية أبو الحسن الشاذلى لتنمية المجتمع، وجمعية أبو بكر الصديق للتنمية، وجمعية الروضة لتنمية المجتمع، وجمعية التنمية والنهوض بالمجتمع، وجمعية تنمية المجتمع، وجمعية التنمية الريفية، وجمعية السلام للتنمية، وجمعية البر والإحسان الخيرية الإسلامية، وجمعية النهضة الزراعية لتنمية المجتمع، وجمعية نصرة المظلوم الخيرية، وجمعية تنمية المجتمع ببندر إسنا.