مرحلة ما قبل الإعصار الأحمر، فقد حصد الأهلي والزمالك بطولة لكلا منهما في أول أربع سنوات من الألفية الجديدة. ففي بطولة عام 2000، بدأ الأهلي مشواره في الدور الأول بالفوز على توسكار الكيني بالفوز في القاهرة 3 – 1 قبل أن يخسر في كينيا بهدف، ليصعد بنتيجة 3 – 2 في مجموع المباراتين. وواجه الأهلي فريق فيتالو البوروندي في الجولة الثانية من البطولة، انتصر الأهلي في لقاء الذهاب 3 – 1، وتأهل لدور المجموعات رغم خسارته من النادي البوروندي 2 – 1 في لقاء العودة. وجاء الأهلي في المجموعة الثانية في دور الثمانية والتي ضمت هارتس أوف أوك الغاني ولوبي ستار النيجيري وجان دارك السنغالي. وتعثر الأهلي خلال هذه المجموعة ولم يحقق سوى فوزين فقط نظير تعادله في مباراتين وخسارته في مباراتين ليحتل المركز الثاني برصيد ثماني نقاط خلف هارتس أوف أوك صاحب الصدارة ب14 نقطة ليودع البطولة نظرا لأن الأول فقط هو كان صاحب بطاقة الصعود إلى النهائي مباشرة. اللقب الثالث للأحمر بدأ الأهلي بطولة عام 2001 بالفوز على البحر الأحمر الإريتري 3 – 0 في القاهرة ولم يتأثر صعوده إلى الدور الثاني بالهزيمة بهدف في إريتيريا. وتخطى الأهلي في الدور الثاني فريق سانت ميشيل يونايتد بسهولة بالفوز ذهابا 5 – 0 والفوز إيابا بهدف أيضا. ووقع الأهلي في المجموعة الثانية التي ضمت بترو أتليتكو الأنجولي وأسيك أبيدجان الإيفواري وشباب بلوزداد الجزائري.
هاتريك بيبو منح الأهلي بطولة وجاء الأهلي في المركز الثاني بالمجموعة برصيد 12 نقطة وبفارق النقاط عن بترو أتليتكو صاحب الصدارة ليصعد إلى نصف نهائي البطولة بقانونها الجديد. واجه الأهلي الترجي التونسي في قبل النهائي وتعادل سلبيا في القاهرة، وفي لقاء العودة استقبل الأهلي هدفا في البداية قبل أن يسجل سيد عبد الحفيظ هدفا رائعا من مسافة بعيدة عادل النتيجة وصعد بالأهلي إلى المباراة النهائية. واصطدم الأهلي بصن داونز الجنوب إفريقي في نهائي البطولة، وتعادل الأهلي بهدف لمثله في لقاء الذهاب سجله سيد عبد الحفيظ، وتغلب الأهلي في لقاء العودة على منافسه بثلاثية سجلها خالد بيبو ليضيف الأهلي إلى خزينته اللقب الثالث في دوري أبطال إفريقيا. اللقب زملكاوي شهدت بطولة 2002 إخفاق من الأهلي وتألق من الزمالك، توقف مشوار الأهلي في البطولة عند دور المجموعات باحتلاله المركز الأخير بخمس نقاط في المجموعة الأولى التي ضمت الرجاء المغربي ومازيمبي الكونغولي وجان دارك السنغالي. فيما احتل الزمالك صدارة المجموعة الثانية برصيد 13 نقطة والتي ضمت أسيك أبيدجان الإيفواري والترجي التونسي وكوستا دو سول الموزمبيقي. وواجه الزمالك فريق مازيمبي في نصف النهائي، وتعادل الفريقان في لقاء الذهاب في الكونغو بهدف لمثله، قبل أن يفوز الزمالك في لقاء العودة بهدفين لحسام حسن. وفي المباراة النهائية، سيطر التعادل السلبي على مواجهة الزمالك والرجاء البيضاوي المغربي، قبل أن يقود تامر عبد الحميد نجم وسط الزمالك فريقه لمنصة التتويج بهدف لقاء العودة الوحيد. نهاية مؤلمة للدراويش
قدم تامر عبد الحميد منحت الزمالك آخر لقب إفريقي شارك الزمالك والإسماعيلي عن الدوري المصري في بطولة دوري أبطال إفريقيا عام 2003، ودع الفريق الأبيض البطولة من الدور الثاني بخسارته أمام سيمبا التنزاني بركلات الترجيح بعد فوز كل فريق على ملعبه بهدف. فيما تأهل الإسماعيلي إلى دور الثمانية وجاء في المجموعة الأولى التي ضمت إنيمبا النيجيري وسيمبا وأسيك أبيدجان. احتل الإسماعيلي المركز الثاني في المجموعة برصيد 11 نقطة خلف إنيمبا صاحب الصدارة ب12 نقطة. وسحق الزمالك فريق الترجي التونسي في قبل النهائي بالفوز في القاهرة وتونس بذات النتيجة 3 – 1، ليصعد إلى ملاقاة إنيمبا. ورغم اكتساح الزمالك لإنيمبا في لقاء المجموعات في القاهرة بنتيجة 6 – 1، أضاع الدراويش اللقب بعد الخسارة في لقاء الذهاب بهدفين، وفشلهم في تسجيل أكثر من هدف واحد في شباك الفريق النيجيري لتتحطم آمال برازيل مصر في الفوز بلقب دوري أبطال إفريقيا للمرة الثانية في تاريخه. وداع مبكر لم يترك قطبي الكرة المصرية بصمتهما في بطولة 2004، إذ غادر الفريقان البطولة من دور ال16، خسر الأهلي أمام الهلال السوداني في لقاء الذهاب بهدف قبل أن يتعادل في لقاء العودة سلبيا. فيما تغلب الزمالك على الجيش الرواندي في لقاء الذهاب 3 – 2، ولكنه خسر في لقاء العودة 4 – 1 ليلحق بالأهلي.
