قال القمص أمونيوس، وكيل مطرانية قنا، إن عدم زيارة الدكتور محمد مرسى مرشح الإخوان لرئاسة الجمهورية للمطرانية أثناء مؤتمره فى قنا، أوجد غضاضة لدى الأقباط، ولم يعجبهم امتناع مرشح الإخوان عن زيارة المطرانية مع أن جميع المرشحين زاروها مثل حمدين صباحى، وحسام خيرالله، وأحمد شفيق، وعمرو موسى. ورفض أمونيوس الاتهامات التى وجهت للكنيسة بتوجيهها الأقباط للتصويت لصالح أحمد شفيق، لافتا إلى أن كهنة المطرانية أنفسهم لم يدلوا بإصواتهم لشخص واحد، هناك من انتخب حمدين صباحى وعمرو موسى وأحمد شفيق وفقا لقناعاتهم الشخصية وليس بناء على توجيه قيادات كنسية. وأكد أن الكنيسة تتعفف عن مناورات السياسىة، ولا تستطيع أن توجه الأقباط للتصويت لصالح مرشح معين لأنها فى هذه الحالة ستضع نفسها فى عداء مع المرشح الآخر.