أثارت موافقة الجمعية التأسيسية على إضافة مادة بباب الأحكام الانتقالية لمنع رموز النظام السابق من ممارسة حقوقهم السياسية لفترة معينة من الزمن، خلافاً بين الإخوان ورموز النظام السابق، واعتبرها حزب الحرية والعدالة، التابع لجماعة الإخوان، «محاكمات شعبية لنظام الرموز السابق بدلاً عن محاكمات الثورة»، فيما اعتبرها نواب الحزب الوطنى السابقون «انتهاكاً لحقوق الإنسان» وهددوا بتدويل القضية واللجوء إلى الاتحاد البرلمانى الدولى، والاتحاد الأوروبى. قال الدكتور أمير بسام، عضو الهيئة العليا لحزب الحرية والعدالة، إنه مع المادة، لمنع «الفلول» من إفساد الحياة السياسية خلال الفترة الحرجة التى تمر بها البلاد، خصوصاً أنهم بدأوا إعادة تنظيم أنفسهم من جديد لخوض انتخابات مجلس الشعب المقبلة. وأضاف بسام، ل«الوطن»: «فلول الحزب الوطنى المنحل يخططون لاستخدام المال السياسى فى الانتخابات المقبلة مستعينين بأعوانهم من أمن الدولة السابقين، ويحاولون افتعال الأزمات الاقتصادية والسياسية بهدف ضرب شعبية الإخوان قبل الانتخابات». وقال ياسر عبدالرافع، القيادى فى «الحرية والعدالة»: «الثورة لم تحاسب رموز النظام السابق على مستوى الجمهورية، وكان لا بد من التعامل معهم بشكل قانونى». فى المقابل، قال محمود نفادى، عضو المكتب السياسى لتحالف «نواب الشعب»، الذى يضم أغلب نواب الحزب الوطنى المنحل السابقين، إنهم سيلجأون إلى القضاء الإدارى حال منع أحدهم من تسجيل اسمه بكشوف المرشحين للانتخابات البرلمانية، وهدد بتصعيد الأمر إلى لجنة الشئون البرلمانية بالاتحاد البرلمانى الدولى.